風冷滅菌柜一般用于制藥工業生產中，用于耐受蒸汽的物料滅菌，如：小型瓶、大型瓶、玻璃器皿、織物、開口、閉口容器、橡膠制品、設備零部件、醫療器械、過濾器、食品等。
風冷滅菌柜對有關物品進行消毒滅菌處理，對藥品而言，在達到消毒滅菌效果可靠的同時，還要保證藥品不受破壞，確保其藥效的安全性、有效性和穩定性。
要保證柜室內空載熱分布要一致，如要求滅菌柜的有限滅菌室內各點的溫度與其均勻溫度的差值≤1℃，切還要盡可能消除“冷點”及“冷點”與均勻溫度間的偏離（≤2.5℃）。
造成上述溫差的主要原因是滅菌柜室內的幾何外形、進氣孔位置＝外形和孔徑、出氣孔的位置和孔徑、擋氣孔外形、大小和放置位置等有關，另外還要求負載熱分布要一致，影響因素則與待滅菌物品的裝載方式和分布方式有關。
通過真空泵借助水的流動抽出滅菌柜室內冷空氣，使其處于負壓狀態，同時可將滅菌物品內部空氣抽出，然后輸入飽和熱蒸氣，使其迅速穿透到物品內部，這樣就能達到飽和蒸汽置換空氣的效果，如此反復3次或4次，空氣置換比較全，溫度升溫到121℃。
由于“冷點”或均勻溫差教大，則在使不利點的F0值保證無菌時，就會使整個滅菌時間延長，這對于溫度較敏感的物品，長時間的高溫就會成題目，對藥品則可能影響其藥效或藥品的穩定性與有效性。因此滅菌柜室內溫度場的均一性，盡可能消除“冷點”是濕熱滅菌柜設計、制造質量好壞與否的首要條件。
滅菌結束后，確認滅菌器內的溫度冷卻到適合的溫度（一般小于80℃），方可打開卸裝側的門，取出滅菌后的物品，滅菌物品取出后，應按要求放置，防止二次污染。
