高效液相色譜是屬于易學難用的儀器，特別講究 “正確使用" 和經驗。

液相工作者接觸最多的是流動相，流動相是造成液相色譜各種問題的主要源頭。

液相色譜儀最常見的故障一是堵，二是漏。下面就這兩點分別展開討論。（注：流動相以甲醇為例，色譜柱以C18為例）“堵"的表現現象就是柱壓異常升高，直接原因就是流路不暢。

 高效液相色譜“堵"的原因之一：配制流動相時細菌污染。

堵塞的主要位置就是在色譜柱的前端，最主要原因就是流動相里有雜質，雜質的主要來源就是細菌。  

 首先我們要認識到，一般的國產甲醇其實不需要額外過濾處理，直接使用沒有問題。即使是有些固態微粒雜質，也能在液相流路系統最前端的過濾頭上排除，真正容易引起問題的，是水中的細菌。新制備的純水在室內放置幾天就會長菌，而這些細菌雖然肉眼不可見，卻足以堵塞柱填料顆粒的空隙，造成柱子很快報廢。

時間過久,濾頭黏附細菌導致泵液不準

 高效液相色譜解決它的方法很簡單，就是確保水的可靠性。這里有兩種方式推薦：

（1）購買實驗室專用純水機，既方便又可靠，質量也放心。缺點就是價格不菲。

（2） 成箱購買市售品牌純凈水，如500ml 一支的怡寶或娃哈哈，這些水的質量足以應付液相色譜的要求。

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這里特別指出一個細節：在絕大多數書本上，凡談到配制流動相都會談到最后有一個過濾的步驟。

高效液相色譜從使用的實際情況來看有幾點需要注意: 

（1）流動相過濾實際操作時由于不可能做到專瓶專用，容易造成的交叉污染，對于配比復雜的流動相影響更大。所以用完后一定要沖洗干凈。用前不放心的話也可以沖洗下。

（2）流動相過濾經濟成本比較高。買一套過濾裝置要3000多元，且過濾器是比較容易損壞的設備。過濾片成本高，有些進口的一片就要幾十元。按一般液相柱的正常使用壽命計算，過濾片的成本會遠遠高于色譜柱的成本。并且在使用過濾片時，有些會造成流動相的二次污染，原因在于不合格的過濾片。

（3）流動相過濾耗費時間長。使用溶劑過濾器有一個預清洗、裝備、使用、用后清洗，晾干的過程，至少也有一個小時的時間。這個成本也不能忽視。