酶標抗體僅需適當底物和普通光學顯微鏡即可高度敏感地檢出抗原。由于信號是通過吸收光的差異，而非發(fā)射光來檢測，底物的不溶性顯色產物分布在酶所在位置的周圍區(qū)域，因此這種檢測方法尚不能達到熒光技術的分辨率。

    酶反應后出現沉淀，在酶所處位置周圍產生不溶性顯色產物，通過底物的顯色來檢出酶標試劑所處位置。多種酶及底物可供選擇，但近年來多選用辣根過氧化物酶(HRP)及底物二氨基聯苯胺(DAB)來進行培養(yǎng)細胞的染色。HRP可與抗Ig抗體、蛋白A、蛋白G、親和素或鏈霉親和素等共價偶聯，其中任何一種二級試劑均可用于檢測與目標抗原結合的一抗的位置。

        細胞染色法如果實驗要求操作簡單，用同一條件觀察大量樣品，用酶聯檢測法較好；如實驗要求高分辨率，則應用熒光素標記檢測法；共聚焦顯微鏡比相差顯微鏡具有更高的分辨率。如考慮敏感性，選用共聚焦顯微鏡法，再依次為酶聯法及熒光顯微鏡法。如考慮到價格因素，則酶聯法為。