生化用低溫工業用冷凍機的有效運行是和壓縮機效率有很大關系的，所以，在運行中壓縮機發生故障需要及時了解，及時解決，保證設備的運行。
生化用低溫工業用冷凍機的壓縮機長期頻繁啟停，制冷系統中存在其它化學物質，與潤滑油發生化學反應后使得潤滑油變質可以導致壓縮機缺油與壓縮機潤滑不足，在工作時，大量制冷劑氣體在被排出的同時也夾帶走一部分潤滑油，壓縮機短時間缺油會使得壓縮機內部各相關部件異常磨損，導致振動、噪音大；長時間缺油會使得內部各相關部件過熱，導致軸承燒結、抱軸，壓縮機內置保護、排氣或頂部溫度保護、過電流保護、電源空開跳閘、壓縮機運轉聲音異常、壓縮機腔體溫度過高等。
如果制冷劑追加過多，導致系統大量回液，或者制冷劑追加過少或制冷劑泄漏都可以導致壓縮機液擊，當壓縮機回液時，壓縮過程中液滴會對渦盤產生大沖力，可能打碎渦盤，含有大量液態冷媒的潤滑油粘度低，在摩擦表面不能形成足夠的油膜，導致壓縮機內部運動件的快速磨損；潤滑油中的冷媒在輸送過程中遇熱會沸騰，影響潤滑油的正常輸送。液擊后的渦旋盤碎片掉在線圈上，破壞線圈絕緣層，可能出現電流保護或壓縮機內置保護可能不會動作。
生化用低溫工業用冷凍機制冷系統回氣管冰堵導致排氣或頂部溫度過高，就能導致壓縮機高溫燒毀，高溫過熱表現為排氣或頂部溫度保護、壓機腔體溫度過高、高壓保護。長時間高溫過熱，不僅會降低電機絕緣性能和可靠性，縮短電機壽命；而且還會降低潤滑油的潤滑能力，甚至引起潤滑油碳化和酸解。
當生化用低溫工業用冷凍機的電機冷卻不足，制冷劑大量泄漏或蒸發壓力過低時會造成系統質量流量減小，使得電機無法得到良好的冷卻，就能壓縮機電機損壞，電機的損壞主要表現為定子繞組絕緣層破壞（短路）和斷路等，繞組燒毀后，掩蓋了一些導致燒毀的現象或直接原因，使得事后分析和原因調查比較困難。
