超臨界二氧化碳流體超低溫萃取裝置開機前先要檢查電源、三相四線是否完好無缺。將各熱箱內加進冷水，不宜太滿。然后將萃取原料裝進料筒，原料不應安裝太滿，將料筒裝進萃取缸，蓋好壓環及上堵頭。
假如萃取液體物料或需加進夾帶劑時，將液料放進攜帶劑罐，可用泵壓進萃取缸內。還要檢查冷凍機及貯罐的冷卻水源是否暢通，冷箱內為乙二醇＋水溶液。CO2氣瓶壓力保證一定的氣壓。檢查管路接頭以及各連接部位是否牢靠，就可以開機了。
無錫冠亞超臨界二氧化碳流體超低溫萃取裝置先送空氣開關，電源己接通后，再按起動電源按鈕。接通超臨界二氧化碳流體超低溫萃取裝置制冷開關，同時接通水循環開關。開始加溫，先將萃取缸、分離I、分離II、精餾柱的加熱開關接通，將各自控溫儀調整到各自所需的設定溫度。假如精餾柱參加整機循環需打開與精餾柱相應的加熱開關。
在無錫冠亞冷凍機溫度降到0℃左右，且萃取、分離I、分離II溫度接近設定的要求后，進行下列操縱。開始制冷的同時將CO2氣瓶通過閥門進進凈化器、冷盤管和貯罐，CO2進行液化，液態CO2通過泵、混合器、凈化器進進萃取缸（萃取缸已裝樣品且封閉上堵頭），等壓力平衡后，打開萃取缸放空閥門，慢慢放掉殘留空氣后，降低部分壓力后，封閉放空閥。
加壓力：先將電點拔到需要的壓力(上限)，啟動泵按扭，當壓力加到接近設定壓力（提前1MPa左右），開始打開萃取缸后面的節流閥門。
超臨界二氧化碳流體超低溫萃取裝置萃取完成后，封閉冷凍機、泵各種加熱循環開關，再封閉總電源開關，萃取缸內壓力放進后面分離器或精餾柱內，待萃取缸內壓力和后面平衡后，再打開放空閥門，待萃取缸沒有壓力后，打開萃取缸蓋，取出料簡為止，整個萃取過程結束。
