熒光共聚焦顯微鏡是在熒光顯微鏡的基礎上，配以激光掃描裝置，通過可見光激發熒光探針，然后通過計算機圖像處理技術獲得細胞的圖像。不僅可以觀察固定的細胞和組織切片，還可以實時動態觀察和檢測活細胞的結構、分子和離子。
如何對熒光共聚焦顯微鏡進行動態觀察？
1、細胞內鈣變化的實時定量測定。
2、測量細胞內pH值的變化。
激光共聚焦顯微鏡是測量多種離子濃度并顯示其分布的有效工具。聚焦信息的有效識別使得在亞細胞水平顯示離子分布成為可能。熒光探針可用于測量單個細胞中的PH值以及活細胞中各種離子(Ca+、K+、Na+、Mg2+)的濃度和變化。一般來說，電生理記錄裝置和攝像技術可以快速檢測細胞內離子量的變化，激光共聚焦技術可以提供更好的亞細胞結構中Ca+濃度動態變化的圖像，對研究Ca+的細胞內動力學有意義。
3、檢測膜電位的變化。
單體在低電位時存在，發出綠色熒光，聚集體在高電位時發出紅色熒光。隨著電位的增加，紅色熒光也增加。
4、檢測細胞中活性氧的產生。
5、藥物篩選
藥物、病毒、細菌等的熒光標記。當檢測到藥物跨膜進入組織或細胞時，可以檢測到藥物是否進入，其位置含量和動態過程。
6、細胞對細胞通信的研究
激光共聚焦顯微鏡可以通過觀察縫隙連接分子在細胞內的轉移來測量一些傳遞細胞調控信息的離子和小分子。該技術可用于研究胚胎發育、生殖發育、神經生物學、腫瘤發生等過程中縫隙連接通訊的基本機制和功能，也可用于識別對縫隙連接有潛在毒性的化學物質。
7、觀察細胞遷移和生長。
熒光共聚焦顯微鏡大大提高了光子產生效率，樣品可以與毒性較小的染料結合，以減少每次掃描時激光束對細胞的損傷。LSCM可用于數小時的長期定時掃描，以記錄細胞遷移和生長等細胞生物學現象。
8、熒光漂白恢復的檢測
當一個細胞中的熒光分子被激光漂白或淬滅而失去發光能力時，相鄰細胞中未淬滅的熒光分子可以通過細胞間的縫隙擴散到漂白的細胞中，從而恢復熒光。該技術可用于分析細胞生物學過程，如細胞內蛋白質轉運、細胞膜上的受體流動和大分子組裝。
