冷凍干燥機按配置可分為：普通隔板型凍干機、壓蓋型凍干機、掛瓶型凍干機、多岐管凍干機。具體每種配置適用于那類物質干燥下邊我們逐一進行分析。

普通隔板型：適用于散裝（液態、糊狀、固態）常規物質的冷凍干燥。

壓蓋型：適用于散裝（液態、糊狀、固態）常規物質的冷凍干燥，

多歧管型：適用于散裝（液態、糊狀、固態）常規物質的冷凍干燥，并且可外接茄形瓶或者廣口瓶進行干燥，外接裝置相互獨立干燥后可隨時拆卸。

掛瓶型:適合西林瓶裝物料的干燥，凍干準備時，按需要將物料分裝在西林瓶中，浮蓋好瓶蓋后進行冷凍干燥，干燥結束后操作壓蓋裝置板層移動蓋緊瓶蓋實現真空狀態下密封，易于長期保存。