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單細(xì)胞功能蛋白組學(xué)為何能成為腫瘤免疫治療研究中熱捧的新工具

2023-2-1  閱讀(303)

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單細(xì)胞分泌(功能)蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)揭示了同時分泌多種細(xì)胞因子的少數(shù)高度多功能細(xì)胞亞群(subsets of highly-polyfunctional cells),這些超級細(xì)胞可以預(yù)測患者在體內(nèi)的反應(yīng)和疾病進(jìn)展,負(fù)責(zé)協(xié)調(diào)免疫反應(yīng)和加速先進(jìn)治療藥物的開發(fā)。

 

目前最被關(guān)注的腫瘤免疫治療方法包括以PD-1/PD-L1抗體為代表的免疫檢查點抑制劑療法、以CAR-T為代表的細(xì)胞免疫療法、腫瘤疫苗以及小分子抑制劑等新興免疫療法。近年來,大量以免疫單藥及聯(lián)合治療的臨床研究在國內(nèi)外陸續(xù)開展,取得了多項令人振奮的結(jié)果,腫瘤免疫治療生物標(biāo)記物在治療和預(yù)后預(yù)測中也展現(xiàn)出相當(dāng)?shù)臐摿?/span>。然而,免疫療法的作用機(jī)制比我們想象的更為復(fù)雜,受益群體相對有限,大多情況下只有少部分癌癥患者能夠從中獲益,PD-L1表達(dá)、腫瘤突變負(fù)荷(TMB)、高度微衛(wèi)星不穩(wěn)定(MSI-H)等生物標(biāo)志物無法滿足臨床需求,亟需探索更好的生物標(biāo)志物
 

單細(xì)胞分泌蛋白組學(xué)興起


圖片

免疫細(xì)胞在抗腫瘤、抗感染等免疫應(yīng)答中發(fā)揮重要作用,細(xì)胞因子就像免疫細(xì)胞的工具,可以幫助免疫細(xì)胞有效對抗“敵人",抵御和清除腫瘤及自身損傷細(xì)胞。不同細(xì)胞因子表現(xiàn)出廣泛的多效性,以協(xié)調(diào)先天性和適應(yīng)性免疫系統(tǒng),通過分析免疫細(xì)胞產(chǎn)生的細(xì)胞因子,可以幫助分析和評估細(xì)胞的免疫功能。有些免疫細(xì)胞不僅分泌一種細(xì)胞因子,可能分泌兩種、三種、四種或以上,可分泌兩種及以上細(xì)胞因子的細(xì)胞稱為“多功能細(xì)胞"(polyfunctional cells或multifunctional cells),在過去的十多年有很多研究發(fā)現(xiàn),這群細(xì)胞比只分泌一種細(xì)胞因子的細(xì)胞(單功能細(xì)胞)的功能更強(qiáng),在體內(nèi)產(chǎn)生的免疫應(yīng)答更有效更持久。

 

傳統(tǒng)的細(xì)胞因子檢測技術(shù),如ELISA、流式微球分析(CBA,Cytometric Bead Array)、芯片多因子檢測等都是檢測血清或細(xì)胞培養(yǎng)上清中群體細(xì)胞的平均蛋白信號,不能區(qū)分這些因子是由哪些細(xì)胞分泌的,也無法分辨單細(xì)胞分泌多種因子的多能性及共分泌的協(xié)同效應(yīng),掩蓋了細(xì)胞分泌功能的異質(zhì)性。因此單個因子的檢測濃度高低,往往不能很好預(yù)測患者免疫治療的療效。

 

IsoPlexis單細(xì)胞功能蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)開創(chuàng)性地實現(xiàn)了單細(xì)胞水平對直接發(fā)揮功能的活細(xì)胞分泌蛋白組進(jìn)行全自動檢測,通過微流控芯片捕獲單細(xì)胞進(jìn)行活細(xì)胞培養(yǎng)逐一檢測每個單細(xì)胞分泌的多達(dá)32種細(xì)胞因子,通過生信軟件自動數(shù)據(jù)分析和可視化。對比分析免疫細(xì)胞亞群的細(xì)胞因子分泌差異,將不同細(xì)胞因子種類和信號強(qiáng)度關(guān)聯(lián)到相應(yīng)細(xì)胞功能,研究免疫細(xì)胞亞群功能異質(zhì)性和多功能性,找到在免疫應(yīng)答反應(yīng)中具有作戰(zhàn)能力的“超級英雄細(xì)胞",并生成特別的“細(xì)胞多功能指數(shù)(PSI)",更全面地分析免疫細(xì)胞的綜合功能。單細(xì)胞功能蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù),成為免疫治療研究中生物標(biāo)志物探索的有利新工具。


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IsoCode 單細(xì)胞適應(yīng)性免疫應(yīng)答panel

 

單細(xì)胞分泌蛋白組學(xué)提供的數(shù)據(jù)

以德克薩斯大學(xué)MD安德森癌癥中心Adi Diab等發(fā)表在Journal of Clinical Oncology的文章為例:在BEMPEG(改造的偏向性IL-2受體激動劑)+ Nivo(PD-1單抗)聯(lián)合治療轉(zhuǎn)移性黑色素瘤II期臨床研究中,研究者在用藥前后不同周期采集患者外周血PBMC,通過IsoPlexis單細(xì)胞功能蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)檢測CD4+T、CD8+T細(xì)胞的細(xì)胞因子分泌譜,包括發(fā)揮免疫效應(yīng)功能、免疫刺激作用、趨化作用、免疫調(diào)節(jié)、炎癥相關(guān)功能的五大職能32種細(xì)胞因子的檢測分析。回顧性分析與患者預(yù)后和療效相關(guān)的生物標(biāo)志物,包括:

  • 應(yīng)答組和非應(yīng)答組受試者治療前(C1D1)、治療后(C1D8)外周血CD8+T細(xì)胞分泌因子差異分析;

    治療一周后,應(yīng)答組細(xì)胞因子分泌多樣性更高,多因子組合的分泌頻率更高(橫向條塊顏色越深,比例越高),主要由具有效應(yīng)功能的細(xì)胞因子所驅(qū)動,其他趨化性、刺激性和調(diào)節(jié)性細(xì)胞因子也有不同程度的貢獻(xiàn);


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CD8+T細(xì)胞分泌因子譜多功能熱圖

 

  • 根據(jù)細(xì)胞因子分泌差異,分析應(yīng)答組和非應(yīng)答組受試者治療前(C1D1)、治療后(C1D8)外周血CD8+T細(xì)胞多功能性(可分泌多種因子的細(xì)胞占比);

    治療一周后,應(yīng)答組多功能性CD8+T細(xì)胞增多;


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CD8+T多功能細(xì)胞比例

 

  • 分析應(yīng)答組和非應(yīng)答組受試者治療前(C1D1)、治療后(C1D8)外周血CD8+T細(xì)胞多功能指數(shù)(結(jié)合多功能細(xì)胞比例及其分泌的各種因子的信號強(qiáng)度);

    治療緩解組(CR+PR)患者的CD8+ T細(xì)胞的PSI升高約2.2倍,具有顯著差異(P<0.01);


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CD8+T單細(xì)胞多功能指數(shù)(PSI)

 

細(xì)胞多功能指數(shù)(PSI),是結(jié)合多功能細(xì)胞比例及其分泌的各種因子的信號強(qiáng)度的綜合評價指標(biāo)。

 


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  • 治療后與基線樣本配對分析,外周血免疫細(xì)胞PSI中值變化倍數(shù)(PSD);

    CD8+T細(xì)胞PSD與客觀緩解率(ORR)顯著相關(guān),可成為與患者應(yīng)答呈正相關(guān)的預(yù)測性血液生物標(biāo)志物;


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  • 長期隨訪,分析PSD( PSI中值變化倍數(shù))與患者無進(jìn)展生存期(PFS)的關(guān)系;

    在為期3年的研究過程中,CD8+T細(xì)胞PSD高的患者表現(xiàn)出更好的遠(yuǎn)期預(yù)后效果,或治療結(jié)果改善。


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本研究證明了BEMPEG + Nivo聯(lián)合免疫療法治療轉(zhuǎn)移性黑色素瘤的有效性和安全性,IsoPlexis的細(xì)胞多功能指數(shù)(PSI)及其變化倍數(shù)(PSD)是有效預(yù)測患者總體緩解率的關(guān)鍵指標(biāo)

IsoPlexis平臺分析的預(yù)測性血液生物標(biāo)志物,使研究人員能夠比以前的傳統(tǒng)技術(shù)更早地評估患者對Nivo/Bempeg治療的反應(yīng)。加速對難治性癌癥的洞察,如轉(zhuǎn)移性黑素瘤,鑒別與患者持久反應(yīng)相關(guān)的治療。

IsoPlexis單細(xì)胞功能蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù),正在被越來越多的研究者選擇,在腫瘤免疫療法開發(fā)和臨床研究中,幫助研究者進(jìn)行相關(guān)生物標(biāo)記物的檢測分析,揭示患者臨床獲益或耐藥相關(guān)的機(jī)制,以更好地實現(xiàn)精準(zhǔn)治療從而選擇最為適合的治療方案

 

IsoPlexis在腫瘤免疫臨床

和臨床前研究中的代表文獻(xiàn)


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