在進行流式細胞儀多色分析時，如果想得到理想的分析結果，就需要選擇好抗體的熒光搭配。常考慮的影響因素有以下幾點：

1.熒光素的熒光強度：

一個特定抗體，能否區分陰性與陽性結果，靠的是抗體上結合的熒光素標記。每一種熒光素的光量子釋放能力不同，相對熒光強度不一樣，一般用染色指數（staining index）來比較不同熒光標記的光信號強度。染色指數是陽性信號和陰性信號差異與陰性峰分布寬度比值，是判斷該熒光染料辨別弱陽性表達的能力。因此，對于特定的單克隆抗體，由于使用了不同的熒光素標記，其陰性細胞核陽性細胞的S/N比值（信噪比）可以相差4-6倍。一般來講，熒光信號由強到弱的的排序是：PE>APC>PE-Cy5>PERCP-Cy5.5>FITC>PERCP。

2.熒光素標記效率：

抗體上標記熒光素的數量（F/P）值也會影響相對熒光強度。每一個抗體上可標記幾個FITC或PERCP分子（通常為2-9個），而APC和PE的標記量約為每個抗體標記一個熒光分子。FITC為小分子化合物，而PE，PERCP和APC則是分子量較大的熒光蛋白。受熒光標記物的化學性質要求限制，IGM型抗體通常只用小分子的熒光素進行標記，如FITC、TEXAS RED、Cy3和Cy5。

3.抗原表達豐度：

高表達的抗原幾乎可以用任何熒光素標記的抗體檢測，而較低表達的抗原則需要用較高亮度的熒光素標記的抗體進行檢測，從而達到有效區分陽性細胞群和陰性細胞的目的。

4.細胞自發熒光：

每個細胞群體都帶有不同水平的自發熒光，由于細胞的自發熒光在高波長范圍里（>600nm）迅速降低，所以在檢測自發熒光水平高的細胞時，使用發射波長較長的熒光染料（比如APC）可以得到較好的檢測結果。

5.非特異性結合

有些熒光標記的抗體會表現出低水平的非特異性結合，就會造成陰性細胞的熒光水平升高。

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