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蛋白質的結構復雜、功能各一、分子量存在巨大差異，目前還沒有一個理想且通用的蛋白定分析方法。如今最常見的方法主要有以下幾種：
原理
BCA(bicinchonininc acid)與二價銅離子的硫酸銅等其他試劑組成的試劑，混合一起即成為蘋果綠，即 BCA工作試劑。在堿性條件下，BCA與蛋白質結合時，蛋白質將Cu2+還原為Cu+,一個Cu*螯合二個BCA分子，工作試劑由原來的蘋果綠形成紫色復合物，最大光吸收強度與蛋白質濃度成正比。
特點
靈敏度高，檢測濃度下限達到25ug/ml，最小檢測蛋白量達到0.5ug，待測樣品體積為1-20ul 。
測定蛋白濃度不受絕大部分樣品中的去污劑等化學物質的影響，可以兼容樣品中高達5%的SDS，5%的Triton x-100，5%的Tween 20，60， 80。
在20-2000ug/ml濃度范圍內有良好的線性關系。
檢測不同蛋白質分子的變異系數遠小于考馬斯亮藍法蛋白定量。
受螯合劑和略高濃度的還原劑的影響:EDTA小于10mM。DTT小于1mM疏基乙醇低于1mm。
BCA法和Commassie法各有優勢，在不知道蛋白樣本緩沖液成分的情況下可以兩種方法配合使用，以消除定量的誤差。
優缺點
操作簡單，快速，45分鐘內完成測定，比經典的Lowary法快4倍且更加方便;
準確靈敏，試劑穩定性好，BCA 試劑的蛋白質測定范圍是20-200ug/ml ,微量BCA測定范圍在0.5-10ug/ml。
經濟實用，除試管外，測定可在微板孔中就進行，大大節約樣品和試劑用量;
抗試劑干擾能力比較強，如去垢劑，尿素等均無影響
原理
考馬斯亮藍（CBB)測定蛋白質含量屬于染料結合法的一種。考馬斯亮藍在游離狀態下呈紅色，最大光吸收在488nm;當它與蛋白質結合后變為青色，蛋白質—色素結合物在595nm 波長下有最大光吸收。其光吸收值與蛋白質含
量成正比，因此可用于蛋白質的定量測定。蛋白質與考馬斯亮藍結合在2min左右的時間內達到平衡，完成反應十分迅速;其結合物在室溫下1h內保持穩定。該法試劑配制簡單，操作簡便快捷，反應非常靈敏，靈敏度比 Lowry法還高4倍，可測定微克級蛋白質含量，測定蛋白質濃度范圍為0~1 000ug/ml ,是一種常用的微量蛋白質快速測定方法。
優缺點
優點：
靈敏度高，據估計比 Lowry 法約高四倍，蛋白質檢測量可達1ug。這是因為蛋白質與染料結合后產生的顏色變化很大，蛋白質–染料復合物有更高的消光系數,因而光吸收值隨蛋白質濃度的變化比 Lowry 法要大的多。
測定快速、簡便，只需加一種試劑。完成一個樣品的測定，只需要5分鐘左右。由于染料與蛋白質結合的過程，大約只要2分鐘即可完成，其顏色可以在1小時內保持穩定，且在5分鐘至20分鐘之間，顏色的穩定性最好。因而*不用像Lowry 法那樣費時和嚴格地控制時間。
干擾物質少。如干擾 Lowry 法的K+、Na+、Mg2+離子、Tris緩沖液、糖和蔗糖、甘油、疏基乙醇、EDTA等均不干擾此測定法。
缺點：
由于各種蛋白質中的精氨酸和芳香族氨基酸的含量不同，因此Bradford法用于不同蛋白質測定時有較大的偏差，在制作標準曲線時通常選用v一球蛋白為標準蛋白質，以減少這方面的偏差。
仍有一些物質干擾此法的測定,主要的干擾物質有:去污劑、Triton x-100、十二烷基硫酸鈉(SDS)和0.1N的NaOH。(如同0.1N 的酸干擾 Lowary法一樣)
標準曲線也有輕微的非線性，因而不能用Beer定律進行計算，而只能用標準曲線來測定未知蛋白質的濃度。
原理
蛋白質分子中含有共軛雙鍵的酪氨酸、色氨酸等芳香族氨基酸具有吸收紫外光的性質，其吸收高峰在280nm波長處，在最大吸收波長處，吸收光度與蛋白質溶液濃度的關系服從朗伯-比爾定律，故可作為蛋白質定量測定的依據。
優缺點
優點：方法簡單、靈敏、快速、高選擇性，且穩定性好，不消耗樣品，低濃度的鹽類不干擾測定。
缺點：儀器昂貴，而且不同的蛋白質的紫外吸收是不相同的，測定結果存在著一定的誤差，受光源、溶液的PH值、比色皿材質、緩沖介質溶液等因素的影響和限制。
原理
Lowary法是雙縮脲法和福林酚法的結合與發展，其原理是：蛋白質溶液用堿性銅溶液處理，形成銅-蛋白質的絡合鹽，在加入酚試劑后，除使肽鏈中酪氨酸、色氨酸和半胱氨酸等顯色外，還使雙縮脲法中肽鍵、堿性銅的顯色效果更強烈。因此，Lowary法的顯色效果比單獨使用酚試劑強烈3-15倍，為雙縮脲法的100倍。由于肽鍵顯色效果增強，從而減小了因蛋白質種類引起的偏差。
優缺點
優點：微克級高靈敏度定量測定，穩定。
缺點：
受植物體內存在的酚類物質干擾。
去污劑如TritonX-100，SDS，NP-40的濃度超過0.2%時會影響定量結果。
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