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【疫苗研究】前沿技術平臺應用分享
01 新guan研究病理評估
● HALO數字病理圖像分析平臺
數字病理作為理解新*疾病的工具之一，在描述病毒攻擊人體的機制，理解免疫系統對疾病做出反應，以及指導治療和影響患者預后至關重要。
HALO是數字病理圖像分析的優秀者，在新*的發病機制、疫苗、患者的治療及預后等研究的重要工中，將會成為您*的研究助手。HALO數字病理圖像分析平臺結合HALO-Link圖像管理平臺，可極大的滿足您對組織圖像的查看、注釋、分析、管理、共享等需求。
Indica Labs 于2020年5月份和美國國立衛生研究院（National Institutes of Health）合作啟動了在線的新*數字病理學資料庫（COVID-DPR），用以托管高分辨率的新*相關的人體組織數字圖像。
應用文獻概覽:
（1）HALO在SARS-CoV-2疫苗研究中的應用
倉鼠大劑量鼻內SARS-CoV-2感染會導致嚴重的臨床疾病，包括組織中病毒復制水平高、嚴重的肺炎、體重減輕和部分動物死亡。
表達穩定型SARS-CoV-2突刺蛋白的腺病毒血清型26載體疫苗的單次免疫可引起結合和中和抗體反應，并防止SARS-CoV-2引起的體重減輕、肺炎和死亡。
這些數據證明了針對SARS-CoV-2臨床疾病的疫苗保護作用。該模型可用于SARS-CoV-2疫苗的臨床前研究、治療方法和發病機理。
· 文中涉及的HALO病理圖像分析：
在每只動物至少一個肺葉的橫截面上，使用HALO定量平臺進行分析。在有多個橫截面的情況下，每個肺葉被量化為一個單獨的數據點。
使用Multiplex IHC算法對表達SARS-CoV-N和Iba-1蛋白的陽性細胞和百分比進行定量分析。對于SARS-CoV-2 RNAscope ISH和Mx1，使用Area Quantification（面積定量模塊）確定SARS-CoV-2反義或正義探針的表達量及Mx1蛋白占總組織面積的百分比。
對于MPO(中性粒細胞)和CD3+細胞定量，剔除血管 (>5 mm2), 支氣管、細支氣管、軟骨和結締組織區域，并使用CytoNuclear模塊對MPO+及CD3+細胞進行定量分析并計算其細胞密度。
在所有的定量分析中，對每個樣本的所有圖像均進行人工復核，以確保標注及定量分析的準確性。
Reference：
Tostanoski, L.H., Wegmann, F., Martinot, A.J. et al. Ad26 vaccine protects against SARS-CoV-2 severe clinical disease in hamsters. Nat Med (2020). .
（2）HALO在SARS-COV-2感染后的免疫事件研究中的應用
該研究對SARS-COV-2感染后的免疫事件進行了調查，從急性炎癥狀態到感染后4周，非人類靈長類動物(NHP)的肺部病理具有異質性。急性期的特征是CD16+單核細胞從血液中快速遷移，同時肺中CD16+巨噬細胞增多。
研究中確定了兩個間質巨噬細胞亞群(DR+ CD206-)，一個與血漿中IL-6水平直接相關的過渡性CD11c+ CD16+群體，以及一個長期存在的CD11b+ CD16+群體。研究結果揭示了新guan的細胞機制，并驗證了NHP作為免疫療法測試模型的有效性。
文中涉及的HALO病理圖像分析：
使用HALO軟件對病理病變進行定量分析。HALO Tissue Classifier 用于識別肺部RM和AGM區域的fluidic和cellular炎癥。根據肺部受累的比例，分別對fluidic和cellular炎癥進行評分。
Reference：
Fahlberg, M.D., Blair, R.V., Doyle-Meyers, L.A. et al. Cellular events of acute, resolving or progressive 新guanin SARS-CoV-2 infected non-human primates.
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02 新guan疫苗免疫學應答評價
● AID酶聯斑點分析儀-ELISPOT
· 德國艾迪（AID）與ELISPOT
德國艾迪（AID）是一家專業研發并生產酶聯斑點分析儀，細胞分析儀，病毒噬斑分析儀，菌落分析儀，Elispot酶聯斑點分析試劑，PCR診斷試劑的公司。
•ELISPOT是檢測和評價疫苗的細胞免疫水平的有效方法。
•*標準：國際上普遍采用ELISPOT方法監測HIV疫苗研究中的免疫應答反應，在國際艾滋病疫苗行動計劃中，采用ELISPOT法對T細胞功能進行評價。
· ELISPOT在疫苗研發中的應用
（1）疫苗研發和動物實驗
·抗原表位篩選
·免疫效果評價
·疫苗的細胞免疫效果評價
（2）疫苗臨床試驗
·評價疫苗抗原的免疫應答
（3）疫苗生產過程中的質控
·鑒定疫苗的免疫效果是否一致穩定
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03 新guan疫苗檢測蛋白分析
● MSD電化學發光免疫分析技術
MSD在疫苗檢測應用：
· 異源初免打破新疫苗的保護性免疫反應瓶頸
來自不同平臺的新guan疫苗在療效、保護期和副作用方面存在差異。為了最大限度地發揮疫苗接種的效益，科研攻關組疫苗研發專班專家組副組長、中國工程院院士王軍志研究團隊探索了采用異源的主要增強策略的效用，在小鼠模型中對中國正在進行臨床試驗的四種主要新guan候選疫苗的不同組合進行了測試。
結果表明，腺病毒載體疫苗免疫后，滅活/重組亞單位/mRNA疫苗再免疫，特別能提高水平的中和抗體，并促進調節抗體反應為主要的中和抗體。此外，腺病毒載體疫苗的異源初始增強方案也改善了Th1偏向性T細胞反應。研究結果為研制和應用新guan疫苗控制SARS-CoV-2大流行提供了新的思路。
中國國家食品藥品監督管理研究院提供并維持無特異性病原體BALB/c小鼠。本研究中使用的四種SARS-CoV-2疫苗包括滅活疫苗、腺病毒載體疫苗、重組蛋白疫苗和mRNA疫苗，并由不同制造商捐贈。
新鮮分離的脾細胞用跨越SARS CoV-2棘突蛋白的四個肽池以每孔2 × 105個細胞刺激20小時。每種肽的濃度為5μg/mL。收集上清液并根據不同的疫苗接種組或不同的肽池匯集。上清液按1:2的比例稀釋，然后使用MSD V-PLEX促炎試劑盒1（MSD 試劑盒：V-PLEX Proinflammatory Panel 1 Mouse Kit）進行測量。使用標準曲線計算每個樣品的濃度。從刺激樣品的水平中減去未刺激樣品的濃度。
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04 新guan研究單細胞測序基因分析
● BD Rhapsody 單細胞多組學平臺
應用單細胞測序探究新guan患者單核細胞免疫學特征
上海優寧維生物科技股份有限公司
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