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IMR-90細胞株

時間:2016-4-26閱讀:1910

產品標題:IMR-90細胞株

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lncRNA 的研究已經在世界范圍內變得越愛越熱門,通過這些年的研究,lncRNA的機制研究也形成了一定的套路:

1)高通量分析lncRNA的表達;

2)驗證高通量篩選后的結果;

3)研究lncRNA與蛋白之間的相互作用。

接下來的文章中,慧穎生物會和大家一起討論lncRNA機制研究中常用的方法,歡迎小伙伴們積極參與討論。

(一)高通量分析lncRNA 的表達

隨著lncRNA研究的不斷深入,現在已經有了很多很成熟的lncRNA芯片產品,可供選擇。另外二代測序的興起,也使得RNA-seq成為分析lncRNA表達譜的有效手段。當然從費用的角度講,lncRNA 的芯片更便宜,二代測序RNA-seq的成本更高。不過土豪請隨意!

應用lncRNA芯片或者RNA-seq進行lncRNA表達譜分析的研究已經有了很多。例如,Orom等人在人類的細胞系中通過lncRNA的芯片篩選,鑒定了3019條lncRNA的表達分布。另外,Ng等通過定制化的lncRNA芯片(customized microarray)研究了人胚胎干細胞(human embryonic stem cell,hESCs)內的lncRNA表達譜(expression profile)。他們發現有一些胚胎干細胞特異性的lncRNA對于維持干細胞的多能性(pluripotency)有非常重要的作用。在腫瘤研究(乳腺癌、胰腺癌、肝癌等)中,lncRNA芯片的應用也是非常地廣泛。

相對于lncRNA芯片在表達譜研究方面的廣泛應用,RNA-seq方法的應用領域則明顯地不同。RNA-seq 主要用于研究轉錄組。應用該方法,獲得的結果受到的干擾信號(background signal)比較低,更重要的是,通過RNA-seq有可能獲得全新的轉錄產物(當然包括lncRNA在內,但是不局限于lncRNA。例如在腫瘤研究中,常用RNA-seq去發現新的融合基因。利用RNA-seq技術,研究人員發現某些lncRNA分子在神經精神疾?。╪europsychiatric disorder)中發揮重要作用。另有研究者通過RNA-seq技術,分析了肝細胞癌(HCC)中的整個轉錄組,當然也包括了lncRNA。

(二)對于高通量數據的驗證

常用的驗證高通量數據的實驗手段有:Northern blot、qRT-PCR、FISH及RNAi 等方式。

目前zui為常用的檢測lncRNA表達的手段是qRT-PCR,它的操作簡單,自動化程度高,在實驗室普遍使用。FISH的實驗方法,使用的實驗室就相對較少。FISH和Northern 類似的地方是,它同樣是基于分子雜交的原理。使用FISH的一大優勢是,它不僅可以表征lncRNA表達量的多少,更可以直觀地告訴研究者lncRNA在亞細胞/組織中的定位。

研究者成功地使用該方法研究了多條lncRNA,包括Xist、MALAT1、MENε/β和Kcnq1ot1等。RNAi是另一種廣泛使用的實驗手段,在細胞中特異性地敲減lncRNA,是檢測lncRNA功能時,zui常用的實驗方法。例如,HOTAIR的5'區域和3'區域可以分別結合PRC2和LSD1,并起到一個腳手架(Scaffold)的作用。研究者通過RNAi的方式,敲減細胞內源性HOTAIR分子,證實了該分子在結構上的作用和功能。需要注意的是,以上的多種方法可以相互結合,以驗證篩選獲得的lncRNA的表達及其可能發揮的功能。

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