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成像硬件用于獲得清晰有效的菌落圖像，以便分析計數。現今的成像硬件有拍照成像、掃描成像。由CMOS加攝像頭拍照成像的優點是:成像速度快，能展現培養基表層和深層的細微菌落。確保在0.5秒內獲得菌落圖像。由單反相機、卡片機拍照成像的優點是:能自動對焦、且像素分辨率般更，但其成像需要3~4秒的時間。拍照成像的菌落表面顏色、皺折、凹陷較真實。其弱點是:成像環境中的光線強度，無論是暗視野，還是背光，因光照面到平皿中、邊的距離遠近不同，導致平皿面上各點的亮度不致。若要選購拍照成像的，其分析軟件就定要具有背景矯正能，以便自動改善成像的效果。掃描成像與拍照燈箱的營均勻面光源不同，是將線光源通過移動變成面光源的，光線強度相對均勻，其均勻度通常比拍照燈箱的面光源要個數量，掃描成像從成像硬件這個根本上解決了菌落目標的亮度不勻問題，然而其在菌落表面顏色的表現上遜于從平皿正面的拍照成像。以300dpi分辨率(3482×2396像素成像)掃描6個90mm直徑平皿的速度，暗視野成像約12秒、背光成像約20秒，就其成像速度而言，與單反相機、卡片機拍照成像的速度相當。
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