機理
微波萃取的機理可從以下3個方面來分析:
①微波輻射過程是頻電磁波穿透萃取介質到達物料內的微管束和腺胞系統的過程。由于吸收了微波能，細胞內的溫度將迅速上升，從而使細胞內的壓力過細胞壁膨脹所能承受的能力，結果細胞破裂，其內的有效成分自由出，并在較低的溫度下溶解于萃取介質中。通過步的過濾和分離，即可獲得所需的萃取物。
②微波所產生的電磁場可加速被萃取組分的分子由固體內向固液界面擴散的速率。例如，以水作溶劑時，在微波場的作用下，水分子由速轉動狀態轉變為激發態，這是種能量的不穩定狀態。此時水分子或者汽化以加強萃取組分的驅動力，或者釋放出自身多余的能量回到基態，所釋放出的能量將傳遞給其他物質的分子，以加速其熱運動，從而縮短萃取組分的分子由固體內擴散至固液界面的時間，結果使萃取速率提數倍，并能降低萃取溫度，zui大限度地保證萃取物的質量。
③由于微波的頻率與分子轉動的頻率相關連，因此微波能是種由離子遷移和偶子轉動而引起分子運動的非離子化輻射能，當它作用于分子時，可促分子的轉動運動，若分子具有定的性，即可在微波場的作用下產生瞬時化，并以24.5億次/s的速度作性變換運動，從而產生鍵的振動、撕裂和粒子間的摩擦和碰撞，并迅速生成大量的熱能，促使細胞破裂，使細胞液溢出并擴散至溶劑中。在微波萃取中，吸收微波能力的差異可使基體物質的某些區域或萃取體系中的某些組分被選擇性加熱，從而使被萃取物質從基體或體系中分離，入到具有較小介電常數、微波吸收能力相對較差的萃取溶劑中。
點
微波具有波動性、頻性、熱性和非熱性四大點，這決定了微波萃取具有以下點:
1 試劑用量少，節能，污染小。
2 加熱均勻，且熱效率較。傳統熱萃取是以熱傳導、熱輻射等方式自外向內傳遞熱量，而微波萃取是種"體加熱"過程，即內外同時加熱，因而加熱均勻，熱效率較。微波萃取時沒有溫熱源，因而可消除溫度梯度，且加熱速度快，物料的受熱時間短，因而有利于熱敏性物質的萃取。
3 微波萃取不存在熱慣性，因而過程易于控制。
4 微波萃取干燥等預處理，簡化了，減少了投資。
5 微波萃取的處理批量較大，萃取效率，省時。與傳統的溶劑提取法相比，可節省50%~90%的時間。
6微波萃取的選擇性較好。由于微波可對萃取物質中的不同組分行選擇性加熱，因而可使目標組分與基體直接分離開來，從而可提萃取效率和產品純度。
7微波萃取的結果不受物質含水量的影響，回收率較。
基于以上點，微波萃取常被譽為"綠色提取"。
