傳統的菌落計數器使用時，是將計數筆連接到主機上，打開電源開關，將培養皿放在白光板上，打開白光燈，用計數筆觸動計數，LED顯示屏顯示所計數量;計數成可用計數筆在稿紙上暫記總數，重新開關電源，LED顯示屏自動歸零，二次計數與稿紙上次總數，數量相同可得較準確的結果。同時，按照細菌計數檢驗規程規定，只培養皿中細菌生長數過300個時，應將檢驗樣品稀釋重作，以保證計數的準確性，所以，般的菌落計數器儀器顯示計為三位數。
使用方法
傳統的菌落計數器使用時，是將計數筆連接到主機上，打開電源開關，將培養皿放在白光板上，打開白光燈，用計數筆觸動計數，LED顯示屏顯示所計數量；計數成可用計數筆在稿紙上暫記總數，重新開關電源，LED顯示屏自動歸零，二次計數與稿紙上次總數，數量相同可得較準確的結果。同時，按照細菌計數檢驗規程規定，只培養皿中細菌生長數過300個時，應將檢驗樣品稀釋重作，以保證計數的準確性，所以，般的菌落計數器儀器顯示計為三位數。
傳統的菌落計數方法費時費力并且錯誤率較大，是種人操作的方法。
現在隨著科的步，菌落計數日趨善。主要體現在配置越來越，能越來越。計數的速度越來越快，準確性也越來越。具體體現在下面幾個方面：
1、成像方面，傳統的手動菌落計數器，使用的是放大鏡，般可放大1.7倍到3倍。現在使用的菌落計數器已經具有了圖片拍攝能，而且CCD的規格越來越，現在市場上銷售的儀器所配置的CCD規格是300到1000像素不等，分辨率也從原來的0.08mm增強到了現在的0.01mm，圖像清晰度大大提。另外應基層微生物實驗室的使用需求，還增加了圖像性獲取能。
2、圖像處理能，具有圖像調節，圖像增強，圖像濾波，邊緣檢測，形態學運算等，這些都是傳統的菌落計數器所沒有的。
3、在統計能方面，不再局限于傳統的數量統計。現在市場上出現的自動菌落計數器，已經增加了些智能識別，可皿菌落統計，區域選擇統計，鼠標統計，排污區域計數，直徑分類統計，顏色識別統計等。更的自動菌落計數器還帶有自動雜質剔除，菌落粘連分割大腸桿菌等等。
4、測量能和抑菌圈自動測量方面也是原來的菌落計數器所沒有，更有的儀器已經具有了藥敏分析能。不過，這種菌落計數器多用在微生物實驗室等數據要求較的域，價格也不便宜，市場價多在8，9左右。
5、在數據庫的處理方面，較傳統的菌落計數器，增加了數據存儲，智能查詢，數據導出等，有的還可以設置操作者使用限，數據修改限設置等，使測量的數據更加安。同時，還可以在線編輯，報表打印。
總之，隨著的發展，菌落計數器也在不斷的改。需求者可以根據自己的計數側重點行選購.
