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國產凝膠凈化系統的核心依托于凝膠過濾色譜技術。凝膠作為一種具有特殊三維網狀結構的介質，其內部存在著大量不同孔徑的孔隙。當樣品混合物隨著洗脫液流入裝有凝膠的色譜柱時，一場基于分子大小差異的“分離大戲”就此展開。
較大分子量的物質由于體積龐大，無法進入凝膠內部的微小孔隙，只能沿著凝膠顆粒之間的空隙，以較快的速度向下遷移，先被洗脫出色譜柱。而較小分子量的物質則能夠順利地進入凝膠內部的孔隙之中，在孔隙內不斷擴散、徘徊，行進路徑變得曲折且漫長，因而被洗脫出來的時間相對較晚。通過這種巧妙的方式，不同分子量大小的物質得以在色譜柱中實現分離，進而達到凈化、提純樣品的目的。例如在蛋白質純化過程中，目標蛋白質若處于特定分子量范圍，就能利用凝膠凈化系統準確地將其從復雜的混合體系中分離出來，去除那些分子量過大或過小的雜質蛋白、多糖等成分。
國產凝膠凈化系統的使用注意事項：
1.環境要求：安裝本儀器的實驗臺應水平、穩固，并具有足夠的放置空間。避免在具有腐蝕性氣體、大量灰塵或能產生強磁場的地方安裝本儀器，否則將會影響儀器的正常運轉及縮短儀器的使用壽命。實驗室的室溫應控制在15℃ -30℃范圍內，并且波動要小；濕度在45 -80范圍內。由空調或其他設備產生的氣流不要直吹儀器，避免光線直射及振動。
2.流動相管理：流動相的純度要求高，建議使用色譜純及以上級別的流動相，并使用0.45μm的濾膜過濾，超聲脫氣混合均勻，以去除雜質和氣泡，保證系統正常運行。同時，要根據凝膠凈化色譜柱的規格要求配置相應的流動相，嚴格按照規定的比例進行配置，避免使用不合適的流動相對色譜柱造成損害。流動相每次配制要適量，如果放置時間過長，需重新配制。
3.樣品處理：樣品濃度要適中，過高可能導致柱超載，使分離效果變差；過低則可能降低檢測靈敏度，增加檢測誤差。樣品在進樣前必須經過適當的預處理，如過濾、脫水等，以防止雜質堵塞色譜柱或影響分離效果。
4.儀器維護：每次使用后要用適當的清潔液清洗儀器，并用干凈無菌的紙巾擦干，不可使用有機溶劑或強酸堿等腐蝕性物質清洗。同時，也應定期對儀器進行校準和測試，確保儀器正常使用。出現故障時，應由專業人員進行檢修或更換備品備件。
5.操作規范：在連接系統的PEEK接頭時，適當擰緊即可，過度用力會造成螺紋損壞。嚴禁使用酸、堿性流動相，嚴禁使用水作為流動相，嚴禁使用緩沖鹽。
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