手機版
化工儀器網(wǎng)手機版
化工儀器網(wǎng)小程序
官方微信
公眾號：chem17
掃碼關(guān)注視頻號
環(huán)狀RNA背景介紹
環(huán)狀RNA（Circular RNA，簡稱circRNA）是一種呈封閉環(huán)狀結(jié)構(gòu)的非編碼RNA分子，不具有傳統(tǒng)線性RNA的5'和3'末端。這種結(jié)構(gòu)使circRNA免受RNA外切酶的影響，表達更穩(wěn)定，不易降解。環(huán)狀RNA可以起到microRNA海綿的作用，結(jié)合并抑制microRNA的活性，進而調(diào)控其靶標(biāo)發(fā)揮作用。另外，也有研究表面，環(huán)狀RNA會調(diào)控可變剪切或者轉(zhuǎn)錄過程。環(huán)狀的形成依賴于側(cè)翼RNA元件。側(cè)翼RNA元件可能對內(nèi)含子脫支成套非常重要。研究推測，環(huán)狀RNA可以調(diào)控親本基因的表達。大多環(huán)狀RNA不會翻譯，但是有一小部分環(huán)狀RNA是可以被翻譯的如HDV（乙肝病毒HBV的一個亞型）就是由天然環(huán)狀RNA翻譯而成的。
環(huán)狀RNA的形成模型
研究表明，circRNAs的形成不同于線性RNA的標(biāo)準(zhǔn)剪切模式，是通過backsplicing方式剪切而來。現(xiàn)有的circRNA形成模型主要由以下幾種：
“l(fā)ariat-driven circularization” 或者 “exon skipping”；
“intron-pairing-driven circularization” 或者 “direct backsplicing”；
環(huán)狀內(nèi)含子RNA(ciRNAs)形成模式；
依賴于RBPs環(huán)化模式；
類似于可變剪切的可變環(huán)化模式。
circRNAs的5種不同形成模型如下圖所示
圖.環(huán)狀RNA形成模型
環(huán)狀RNA應(yīng)用
作為mRNA2.0成為RNA疫苗新寵；
RNA治療藥物。
環(huán)狀RNA建庫流程
環(huán)狀RNA二代測序流程如下：
提取樣品的總RNA；
去除總RNA中的核糖體RNA；
消化總RNA中的線性RNA；
富集環(huán)狀RNA樣品；
進行total RNA建庫；
文庫測序；
識別測序數(shù)據(jù)中的環(huán)狀RNA：基于基因組注釋，構(gòu)建虛擬的環(huán)狀RNA數(shù)據(jù)集。將測序數(shù)據(jù)的reads進行搜庫比對，得到環(huán)狀RNA的種類、數(shù)量以及相應(yīng)的位置信息。
圖.環(huán)狀RNA建庫流程
環(huán)狀RNA常用數(shù)據(jù)庫
人/小鼠環(huán)狀RNA數(shù)據(jù)庫
circBank: 收錄了140790條人類circRNA記錄，提供詳細(xì)的序列、miRNA結(jié)合預(yù)測分析等信息；
circNet: 提供環(huán)狀RNA的基本信息、不同組織中的表達譜數(shù)據(jù)及circRNA-miRNA-gene的ceRNA調(diào)控網(wǎng)絡(luò)；
人類外顯子環(huán)狀RNA數(shù)據(jù)庫: 收集了超過3萬條人類外顯子環(huán)狀RNA記錄，包括基因組位置信息和RNA編輯情況。
TSCD數(shù)據(jù)庫: 組織特異性的circRNA數(shù)據(jù)庫，提供人類和小鼠主要組織中組織特異性circRNA的全局視圖；
CSCD數(shù)據(jù)庫：腫瘤特異性circRNA數(shù)據(jù)庫；
circRNADb數(shù)據(jù)庫：綜合性circRNA信息查詢數(shù)據(jù)庫，收集文獻中報道的circRNA相關(guān)數(shù)據(jù)集加以分析；
Kaplan-meier Plotter數(shù)據(jù)庫：基于GEO、EGA以及TCGA 等公共數(shù)據(jù)庫的基因芯片和 RNA-seq數(shù)據(jù)構(gòu)建而成，評估了54,675個基因在21種癌癥中對于生存率的影響，包括乳腺癌(6234例)、卵巢癌(2190例)、肺癌(3452例)和胃癌(1440例)；
circR2disease數(shù)據(jù)庫：circR2disease數(shù)據(jù)庫通過在 Pubmed中檢索”circRNA", "circular RNA" , "circRNA cancer","circRNA disease" , "circRNAtumor"以及"circRNA meoplasm"等關(guān)鍵詞，手動收集并整理了2018年3月31日之前發(fā)表的論文，最終得到了739個條目，包括725個circRNA—疾病關(guān)系對，661個circRNA以及100種疾病；
TransCirc數(shù)據(jù)庫：研究circRNA編碼小肽的數(shù)據(jù)庫；
TRCirc數(shù)據(jù)庫：TR即 transcriptional regulation，跟轉(zhuǎn)錄調(diào)控有關(guān)；
cirCRNADisease數(shù)據(jù)庫善于800多篇報道circRNA與疾病相關(guān)的文獻，收集了330circRNA與48種疾病之間的354對相互聯(lián)系，其中腫瘤相關(guān)疾病占54%，心血管和腦血管相關(guān)疾病占27%；
exoRBASE數(shù)據(jù)庫：該數(shù)據(jù)庫基于歸一化處理的人類血液外泌體RNA-seq數(shù)據(jù)和已發(fā)表文獻數(shù)據(jù)進行整合。
植物環(huán)狀RNA數(shù)據(jù)庫
PlantCircBase：植物環(huán)RNA數(shù)據(jù)庫（PlantCircBase）包含了13個物種的環(huán)狀RNA信息。另外，植物microRNA百科全書（Plant microRNA Encyclopedia）提供了植物microRNA的注釋信息；
PlantCircNet作為一個綜合數(shù)據(jù)庫提供，在八個模型植物中提供含有鑒定的circRNA的可視化植物circRNA-miRNA-mRNA調(diào)控網(wǎng)絡(luò)。
其他物種環(huán)狀RNA數(shù)據(jù)庫
CircAge數(shù)據(jù)庫：CircAge整合了來自GEO、GSA等公共數(shù)據(jù)庫以及實驗室自主測定的共計803個RNA-seq數(shù)據(jù)集，涵蓋了人、獼猴、大鼠、小鼠、斑馬魚、果蠅和線蟲7個物種、24種組織類型的不同年齡段樣本，最終成功鑒定到53萬個circRNA，其中大約23%的circRNA在不同物種間展現(xiàn)出保守性。
circAtlas數(shù)據(jù)庫：基于從六個脊椎動物物種（人類，獼猴，小鼠，大鼠，豬和雞）的19個正常組織中收集的1070個RNA-seq樣本數(shù)據(jù)匯總了環(huán)狀RNA相關(guān)信息。
circBase數(shù)據(jù)庫：收集多個物種的circRNA信息包括人 (hg19)、小鼠(mm9) 、秀麗線蟲(ce6)、黑腹果蠅 (dm3)、矛尾魚 (latCha1)、腔棘魚。
Circinteractome數(shù)據(jù)庫：種屬可謂是很齊全啊，人的，果蠅的等等，以人的種屬為主。這個數(shù)據(jù)庫比較好的一點是集大成之預(yù)測了已知的RNA結(jié)合蛋白數(shù)據(jù)集還有風(fēng)風(fēng)提到的circbase中的circRNA的結(jié)合位點。
CIRCpedia數(shù)據(jù)庫：共有6個種屬，包括人、大小鼠、果蠅、斑馬魚，收集了180多個樣本的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)，識別到了262782個環(huán)狀RNA。
deepBase數(shù)據(jù)庫：中山大學(xué)推出的一個數(shù)據(jù)庫，該數(shù)據(jù)庫從新一代測序技術(shù)數(shù)據(jù)中注釋和鑒定circRNA/miRNA/piRNA等及他們的表達模式，包含人、鼠類、果蠅等。
cir2traits數(shù)據(jù)庫：人類、小鼠和線蟲。
LncRNA Desease 2.0：目前有19166條lncRNA信息、823條CirRNAs信息和529種疾病。該數(shù)據(jù)庫建立了已報道的及試驗驗證過的lncRNA、circleRNA與疾病的相關(guān)信息。包含物種人類（homo sapiens），大鼠（Mus musculus），小鼠（Rattus norvegicus褐家鼠），原雞（Gallus）。
CircFunBase數(shù)據(jù)庫：circAtlas包括從六種脊椎動物（人類，獼猴，小鼠，大鼠，豬和雞）收集的19種正常組織。
這些數(shù)據(jù)庫為環(huán)狀RNA的研究提供了豐富的數(shù)據(jù)支持。
產(chǎn)品推薦
產(chǎn)品定位 | 產(chǎn)品貨號 | 產(chǎn)品名稱 | 規(guī)格 |
rRNA去除 | 12254ES24/96 | Hieff NGS® MaxUp rRNA Depletion Kit (Plant) | 24 T/ |
12257ES24/96 | Hieff NGS MaxUp Human rRNA Depletion Kit(rRNA & ITS/ETS) | 24 T/ | |
線性RNA消化 | 14615ES25/72 | RNase R GMP-grade (20 U/μL) | 500 U/ |
Total RNA建庫 | 12340ES24/96 | Hieff NGS ® EvoMax RNA Library Prep Kit（dUTP） | 24 T/ |
純化分選磁珠 | 12601ES08/56 | Hieff NGS® DNA Selection Beads(Superior AMPure XPAlternative) | 5 mL/ |
12602ES08/56 | Hieff NGS® RNA Cleaner | 5 mL/ | |
建庫接頭 | 12966ES24/01 | 可拆卸板式接頭 | 24 T/ |
相關(guān)產(chǎn)品
免責(zé)聲明
- 凡本網(wǎng)注明“來源：化工儀器網(wǎng)”的所有作品，均為浙江興旺寶明通網(wǎng)絡(luò)有限公司-化工儀器網(wǎng)合法擁有版權(quán)或有權(quán)使用的作品，未經(jīng)本網(wǎng)授權(quán)不得轉(zhuǎn)載、摘編或利用其它方式使用上述作品。已經(jīng)本網(wǎng)授權(quán)使用作品的，應(yīng)在授權(quán)范圍內(nèi)使用，并注明“來源：化工儀器網(wǎng)”。違反上述聲明者，本網(wǎng)將追究其相關(guān)法律責(zé)任。
- 本網(wǎng)轉(zhuǎn)載并注明自其他來源（非化工儀器網(wǎng)）的作品，目的在于傳遞更多信息，并不代表本網(wǎng)贊同其觀點和對其真實性負(fù)責(zé)，不承擔(dān)此類作品侵權(quán)行為的直接責(zé)任及連帶責(zé)任。其他媒體、網(wǎng)站或個人從本網(wǎng)轉(zhuǎn)載時，必須保留本網(wǎng)注明的作品第一來源，并自負(fù)版權(quán)等法律責(zé)任。
- 如涉及作品內(nèi)容、版權(quán)等問題，請在作品發(fā)表之日起一周內(nèi)與本網(wǎng)聯(lián)系，否則視為放棄相關(guān)權(quán)利。
采購中心