生物顯微鏡是用來觀察生物切片、生物細胞、細菌以及活體組織培養、流質沉淀等的觀察和研究，同時可以觀察其他透明或者半透明物體以及粉末、細小顆粒等物體。

用途：

生物顯微鏡供醫療衛生單位、高等院校、研究所用于微生物、細胞、細菌、組織培養、懸浮體、沉淀物等的觀察，可連續觀察細胞、細菌等在培養液中繁殖分裂的過程等。在細胞學、寄生蟲學、腫瘤學、免疫學、遺傳工程學、工業微生物學、植物學等領域中應用廣泛。

正確的使用方法及保養：

1.使用顯微鏡時，首先應注意顯微鏡的接電規格(110V或220V)并插接正確的插座。
2.由保存箱中取出顯微鏡或移開防塵套，取出時應以右手持鏡臂，左手托住鏡座。取出后應檢查顯微鏡是否髒污，如有髒污應以拭鏡紙沾些許95%酒精除去接物鏡上的塵埃或污染物。
3.打開并調整適當光源，避免燈源過高度太強，使微生物檢體乾凅死。
4.以塑膠吸管取出待觀察之微生物置于載玻片上，再用蓋玻片以45度角蓋下，避免產生氣泡。
5.將已制作完成的檢體標本置于顯微鏡載物臺上，以玻片夾固定兩端;操作者的左眼對準接目鏡觀察，調整光源與光圈使顯微鏡視野亮度均勻，通常先以低倍接物鏡開始檢測為生物。
6.眼鏡就接目鏡位置，轉動粗調節輪使低倍物鏡下降幾乎與檢體玻片相接，待物象出現后，再轉動細調節輪反覆微調，直到影像清晰為止。
7. 鏡檢時兩眼同視，尋找適當目標，將目標調到視野觀察。
8. 更換高倍物鏡觀察，并利用細調節輪對準焦距，重新調整光圈至適當亮度，再轉動細調節輪反覆微調，直到物象清晰為止。
9. 觀察時兩眼同時張開以左眼觀察，右眼描繪結果。由于高倍率物鏡焦距很淺，因此必須一方面轉動細調節輪，一面描繪結果。描繪時不可有操作者的主觀意識，且所觀察之實驗結果應全數繪入，不可選擇性填入。