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氣相色譜柱的分離原理基于不同物質在氣相（流動相）和固定相之間的分配系數差異。當混合組分隨載氣通過色譜柱時，各組分因在兩相間的分配能力不同，導致遷移速度不同，最終按順序流出色譜柱，完成分離。分配系數大的組分更傾向于停留在固定相中，遷移速度慢；分配系數小的組分則更易隨載氣移動，遷移速度快。這一差異是分離的核心驅動力。
在固定相選擇策略上，需綜合考慮樣品性質、分析需求及色譜柱特性。首先，根據分析樣品的極性選擇固定相，遵循“相似相溶”原則，即極性樣品選極性固定相，非極性樣品選非極性固定相。其次，考慮分析物的大小和沸點，大分子和高沸點化合物適合大孔徑柱，小分子和低沸點化合物則適合小孔徑柱。再者，柱長也是關鍵因素，柱長越長，分離效果越好，但分析時間也會延長，需根據樣品復雜程度和實驗要求選擇。
此外，還需注意固定相的穩定性和柱流失情況。低流失的固定相通常更為惰性，具有更高的溫度上限，適用于MS檢測器。同時，盡量選擇極性最小的固定相，因其使用壽命通常優于極性固定相。在實際操作中，若對固定相選擇不確定，可從DB-1或DB-5等常用固定相開始嘗試，再根據分離效果進行調整。
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