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1、取水環境
取水應盡量在清潔區域進行，以減少空氣中離子、有機物、微生物、顆粒物等的污染，水機盡量放置在清潔室內。如果是放在綜合實驗室，實驗室的藥品儲存需要有藥品儲存柜。如果有內排或外排功能更好，否則會增加超純水TOC升高的可能性。
2、取水容器
應根據不同用途選用不同材質的取水容器。無機分析應選用低溶解塑料制品，選用氟塑料、聚丙烯等材料。有機物分析應使用玻璃容器。容器的選擇應遵循小口、小蓋、適量（盡量減少頂部空氣量）的原則。盛裝超純水前，應將容器充分清洗并用合格的純水或超純水適當潤濕。
3、取水作業
取水時，容器口應盡量靠近進水口，取水應該在水輪機末端的過濾器保護罩內取水，以免空氣流動造成污染。容器應適當傾斜并貼在墻上吸水，以減少氣泡的產生。低溫時，應將進水口調至小流量，以減少微氣泡在水中的懸浮。
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