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加熱結構可供選擇：氣套式加熱和水套式加熱。
通過加熱方式，二氧化碳細胞培養箱可分為水水套式二氧化碳細胞培養箱和氣套式二氧化碳細胞培養箱。
水套式二氧化碳細胞培養箱是通過一個獨立的熱水間隔間包圍內部的箱體來維持溫度恒定的。熱水通過自然對流在箱體內循環流動，熱量通過輻射傳遞到箱體內部從而保持了溫度的恒定。水套式設計有其優點：水是一種很好的絕熱物質，當遇到斷電的時候，水套式系統就能更可靠地長久保持培養箱內的溫度準確性和穩定性(維持溫度恒定的時間是氣套式系統的4-5倍)。如果您的實驗環境不太穩定(如有用電限制，或者經常停電)并需要保持長時間穩定的培養條件，此時，水套式設計的二氧化碳培養箱就是您的選擇。
而氣套式加熱系統是通過箱體內的加熱器直接對箱內氣體進行加熱的。氣套式設計在箱門頻繁開關引起的溫度經常性改變的情況下能夠迅速恢復箱體內的溫度穩定。因此，氣套式與水套式相比，具有加熱快，溫度的恢復比水套式培養箱迅速的特點，特別有利于短期培養以及需要箱門頻繁開關的培養。此外，對于使用者來說氣套式設計比水套式更簡單化(水套式需要對水箱進行加水、清空和清洗，并要經常監控水箱運作的情況)。在購買氣套式培養箱時，要注意的是：為了不影響培養，培養箱還應該有一個風扇以保證箱內空氣的流通和循環，此裝置還有助于箱內溫度、CO2和相對濕度的迅速恢復。
此外，有些類型的二氧化碳培養箱還具備外門及輔助加熱系統，這個系統能加熱內門，提供給細胞良好的濕度環境，保證細胞滲透壓維持平衡，且可有效防止形成冷凝水以保持培養箱內的濕度和溫度。如果您的培養環境需要精確的控制，那么這個輔助系統則是不可少的。
總而言之，因為氣套式培養箱相對使用的還是較為方便，普遍使用氣套式培養箱較多。
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