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二氧化碳還原氣相色譜可選擇的“流動相”的范圍較窄，滿足需要的載氣主要有氫氣、氦氣、氮氣以及氬氣。此外氣相色譜的載氣不像液相色譜的流動相那樣靈活，可實現多種混合模式，具有多種選擇性，提供待分離組分分離的驅動力，疏水相互作用，氫鍵，偶極，離子對等。
載氣在二氧化碳還原氣相色譜中的主要作用與液相的流動相一樣，提供分配的介質并提供各組分向檢測器端移動的動力，不同的載氣之間的區別在于具有不同的理論塔板高度，也即柱效，而基本上沒有選擇性的差異。
常用的氣相色譜載氣有氫氣、氦氣、氮氣以及不太常用的氬氣等。氫氣與氦氣的擴散能力是氮氣的4倍左右，而氫氣的黏度則是氦氣以及氮氣的1/2左右。載氣的擴散能力直接影響待分離組分在載氣以及固定相中的分配平衡時間，將影響到達到理論塔板高度時，所允許的大流速。
而載氣的黏度則影響到氣相進樣口處的柱前壓，一般地，其出口壓力為大氣壓，載氣在柱前壓的作用下被一定程度的壓縮，由于在方法運行時，載氣的體積流速是一定的，其實際線速度小于設定值。因此，在使用長色譜柱的時候，柱前壓會比較大，此時需要選擇使用黏度比較小的氫氣作為載氣。
氮氣的線速度比較低，其次是氦氣，線速度大的是氫氣。而在各載氣的線速度范圍內，理論塔板高度相差不大，柱效基本一致，這也說明在使用氣相色譜對樣品組分進行分離的時候，載氣的分離選擇性差異很小，這同時也是不同的載氣之間可以通過調整相關參數實現相互轉換的基礎之一。
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