單細胞表達分析系統更有效的測序可以更低的成本實現更高的通量：由于與高通量實驗方法相關的測序成本，單細胞實驗往往非常昂貴。BD Rhapsody單細胞分析系統設計有多個功能，可以更有效地利用測序來降低實驗成本。
靶向測定-由于檢測靈敏度的提高，特定的基因組合方法可使用少量的時間和成本，幫助產生類似于全轉錄組分析（Whole Transcriptome Analysis，WTA）測定的結果。這種方法還提高了UMI計數效率，從而極大程度的節省了實驗時間和成本。
儲存-從樣本中得到的完整cDNA可在磁珠上穩定存儲，允許將珍貴樣本保存長達16周。這可使用戶在時間允許的情況下靈活地對樣本進行測序，并通過對儲存的磁珠池進行等分或分樣來實現同一樣本的多個測定。
分樣-在磁珠上儲存的cDNA可以分成一個或多個等分試樣，并使用定制或預先設計的組合（panel）進行擴增。通過提供對部分樣本進行測序的選項和對樣本不同組合（panel）進行測試的靈活性，分樣可降低成本。
單細胞分離和mRNA標記流程：
1.在微孔中，一個細胞與一個條碼標記磁珠匹配
2.裂解細胞將mRNA與磁珠上條碼標記的捕獲寡核苷酸雜交
3.磁珠回收
4.cDNA合成
5.測序和構建單細胞基因表達譜
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