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組合化學在有機領域最引人注目的成就，是對傳統藥物化學合成的沖擊。藥物的開發是一個耗時耗費的過程,藥物的研制歷程之所以耗時耗費,很重要的原因是：先導化合物的發現與優化速度緩慢。

組合化學能夠大大加快化合物庫的合成及篩選速度,從而大大加快了新藥的研制速度,經過十幾年的發展,組合化學方法已成為新藥研制的必由之路,它的出現被譽為近年來藥物合成領域的顯著的進步之一。組合化學庫的合成方法主要為：混合-裂分法、平行合成法、混合試劑合成法。

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