微膠囊有多種制備方法：
物理化學法中的凝聚法、溶劑-非溶劑法、復乳包裹法；
化學法中的界面縮聚法、輻射化學法；
物理機械法中的噴霧干燥法、噴霧凍結法、流化床包衣法等等。
對微生物來說利用界面縮聚法、擠壓法等較為合適。常用的是擠壓法，即將囊心和囊材混合均勻后擠壓到固化劑中固化，或通過噴嘴噴入固化劑中而形成膠囊。
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