量子點的好處是它們的色彩更豐富、發光強度高和光化學穩定性好。除此之外，量子點還為生物醫學領域提供了多色編碼技術，使其在基因表達技術、高通量篩選和醫學診斷方面又很大的發展前景。
但量子點也有其缺點：首先其合成條件十分苛刻，需要在高溫、絕氧、絕水的條件下成核。雖然現在已經可以在室溫或水環境中合成量子點，但仍需絕氧環境。另外，量子點的水溶性不好，易于聚集且對生物體有毒副作用，而且不易表面修飾。
二氧化硅納米粒子由于表面含有大量的羥基基團，這些羥基能夠和很多物質反應生成氨基、羧基、硫基等基團，二氧化硅也能吸附抗生素蛋白，這種易于表面修飾的特性使它廣泛應用于生物分析，另外，二氧化硅本身無毒生物親合性高，在生化檢測領域愈來愈受重視。
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