室溫較高時，使用純水相或有機相比例較低時，流動相應臨用現配及時清洗吸濾頭以防吸濾頭堵塞。
定期檢查溶劑過濾頭，尤其是水及相似溶劑作為流動相時，細菌等微生物及其代謝產物容易沉淀堵塞濾頭。
所以定期更換溶劑，并在清潔溶劑瓶后重新裝入新的溶劑，必要時，更換新的溶劑濾頭。
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