快速液相色譜儀分離系統包括色譜柱、連接管和恒溫器等。色譜柱一般長度為10～50cm（需要兩根連用時，可在二者之間加一連接管），內徑為2～5mm，由"不銹鋼或厚壁玻璃管或鈦合金等材料制成，住內裝有直徑為5～10μm粒度的固定相（由基質和固定液構成）．固定相中的基質是由機械強度高的樹脂或硅膠構成，它們都有惰性（如硅膠表面的硅酸基因基本已除去）、多孔性（孔徑可達1000）和比表面積大的特點，加之其表面經過機械涂漬（與氣相色譜中固定相的制備一樣），或者用化學法偶聯各種基因（如磷酸基、季胺基、羥甲基、苯基、氨基或各種長度碳鏈的烷基等）或配體的有機化合物。因此，這類固定相對結構不同的物質有良好的選擇性。例如，在多孔性硅膠表面偶聯豌豆凝集素（PSA）后，就可以把成纖維細胞中的一種糖蛋白分離出來。
另外，固定相基質粒小，柱床極易達到均勻、致密狀態，極易降低渦流擴散效應。基質粒度小，微孔淺，樣品在微孔區內傳質短。這些對縮小譜帶寬度、提高分辨率是有益的。根據柱效理論分析，基質粒度小，塔板理論數N就越大。這也進一步基質粒度小，會提高分辨率的道理。
快速液相色譜儀重復性誤差故障處理：
1、進樣閥漏液；
2、加樣針不到位；
3、液量不足。
處理對于種情況更換進樣閥墊圈；對于第二種情況保證加樣針插到底，樣品溶液后須快速、平穩地從LOAD狀態轉換到INJECT狀態，以保證進樣量的準確。日常工作中，快速液相色譜儀的保養非常重要，注意不要讓空氣進入輸液系統和高壓泵中，儲液器內的溶液如長時間未用應清洗儲液器并更換溶液，每次用完色譜儀后緩沖液要用純水沖洗干凈，防止無機鹽析出或沉積；樣品的前處理也很重要，任何樣品都要盡可能地去除雜質，*溶解，盡量減少對色譜柱的污染，以延長色譜柱的使用壽命，同時避免過濃的樣品溶液，以免殘留液在進樣閥內析出固體引起堵塞；色譜柱作好標記，用于不同分析目的的色譜柱不要混用等。
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