1、無載氣通過時，柱的固定液熱分解較迅速。所安裝調試人員和培訓工程師定會對操作人員強調：在柱箱（爐）升溫前一定要先通上載氣（這與TCD操作要求相似），在柱箱冷卻后方能關載氣。
     2、載氣中若夾帶灰塵或其它顆粒狀物體就可能導致色譜柱迅速損壞，同時還應注意不能讓微粒或灰塵進入汽化室，因此在載氣進入儀器管路前必需凈化器；
     3、載氣中的水分通過固定液的液膜吸附在體內表面上，將會取代或破壞固定液液膜，所以，固定液極性越強，越需要采用干燥的載氣，例如：象OV-1、SE-30、SE-54、OV-101對載氣干燥要求不高，而PEG20M、FFAP和SP1000對載氣要求就很高。
     但在涂布于碳酸鋇沉積層上的柱子情況就恰恰相反，涂極性固定液的柱子能經受含水樣品的直接進樣，而涂非極性固定液的柱反而不能經受含水樣品。但不管如何，載氣進入管路前都應進行脫水處理；
     4、對于那些能被氧化的固定液（如PEG-20M、Carbowax、FFAP等），對載氣除氧也很重要，由于N2和He中含O2較高，而H2中含O2少，所以，ECD、FID常用高純N2作載氣，TCD用H2作載氣。同時，停機使用時，應將排空端密封住，以防止空氣中的氧氣對色譜柱固定液的氧化作用。
     三氣路氣體凈化器即專門為以上幾點原因開發，可以根據不同需要裝填不同凈化劑，進行過濾、脫水、除氧除有機物。
     5、在大多數情況下，柱的壽命與它的使用溫度成反比。采用稍低些的溫度上限，可顯著提高柱的壽命，程序升溫到較高溫度所維持的時間越短對柱的壽命影響越小。（見本頁附表）
     6、水、醇（尤其是甲醇）、二硫化碳這類的溶劑，有著非常強的置換固定液的能力，因此用于有意將相當大量的溶劑聚集在柱上（溶劑效應）的不分流進樣法以及柱上進樣法的溶劑，應根據它們對柱壁的吸附親和力（或固定液被置換的可能性）小心的加以選擇。（例如：甲醇不宜用于PEG20M,丙酮往往會引起引起硅酮降解。）
     7、毛細管柱zui大特點是高柱效，但是柱效不僅反映了柱本身的質量，而且還包括進樣過程的整個系統總效率，也就是說，自樣品進入系統的一瞬間開始到出峰為止，每一個能影響峰寬或分離效果的因素，如進樣器、柱的連接、輔助氣引入位置、管路死體積、進樣器內襯的毛病等等，都一定會影響柱效。
    
     8、一根好的柱子，由于安裝不當，可以造成理論塔板數降低，峰形增寬或拖尾、活性物質的吸附性拖尾或消失、靈敏度降低或組分分離不佳等等。
     1）、進樣器與毛細管色譜柱連接：
     分流進樣：分流點要求位于載氣流速較高的區域。
     不分流進樣：色譜柱不伸進進樣器內，避免造成氣流掃不到的區域，通常直接連接到進樣器的末端。
     2）、檢測器與色譜柱出口端連接：對FID不僅插入深度要超過尾吹和H2氣的進口，而且應盡可能將柱出口端插到FID的噴嘴下面1mm處為佳，對微型TCD應插到TCD氣體入口處為佳。可以改善輕度拖尾。
    
     附表：
     常見色譜柱固定相的使用溫度
     1、聚二甲基硅酮類固定相： OV-1 , SE-30 (彈性體，OV-101 , SF96 , DC2000流體)，使用溫度上限為300C,但把溫度上限改為280℃，可使柱子壽命顯著延長。一般來說，彈性體類固定液比流體類更穩定些，SF96 , DC200因含有較高水平的殘留催化劑和不純物，不宜作GC/MS分析。
     2、聚苯基乙基硅酮：SE-52（彈性體，5％苯基），SE-54（彈性體，5％苯基，1％乙烯基），DC10（液體，35％苯基），OV-17(液體，50％苯基)實際上限250℃。SE-52、SE-54在280時穩定性很好，常用于GC/MS分析，并能容納超負荷的大進樣量。苯基含量增加、穩定性要差點。
     3、聚氰丙基硅酮是極性強的硅酮固定液：OV225（液體，25％氰丙基，25％苯基），Silav10c、SP2340（液體，75％氰丙基），實際溫度上限是250℃。
     4、聚乙二醇型（Carbowax or PEG）固定液是乙烯氧化物聚合體的混合物，其名稱反映了他們分子量變化范圍的平均值。Carbowax 20000（臘狀固體），FFAP（兩終端都是對苯二甲酸的Carbowax 20000），實際溫度上限是220℃。