具體合成過程如下：
1、去維護：Fmoc 維護的柱子和單體有必要用一種堿性溶劑（ piperidine ）去除氨基的維護基團。
2、激活和交聯：下一個氨基酸的羧基被一種激活劑所激活溶解，激活的單體與游離的氨基在交聯劑的作用下交聯，構成肽鍵。
3 、循環：這兩步反響重復循環直到整條肽鏈合成結束。
4 、洗脫和脫維護：依據肽鏈所含的殘基不一樣，用不一樣的脫樹脂溶劑從柱上洗脫下來，其維護基團被一種脫維護劑（ TFA ）洗脫和脫維護。
多肽是復雜的大分子，因而每條序列在物理和化學特性上都是共同的，有些多肽合成很艱難 ，另有些多肽雖然合成相對簡單，但純化艱難；最常見的疑問是很多肽不溶于水溶液，因而在純化中，這些疏水肽有必要溶于非水溶劑中或特別的緩沖液，而這些溶劑或緩沖液很也許不適合應用于生物試驗體系，因而研究人員不能運用該多肽到達自個的意圖，因而下面是關于研究人員規劃多肽的一些建議。
怎么下降肽鏈合成的難度？
1.削減序列長度
因為肽的長度添加會致使粗產品純度下降，小于15個殘基的肽對比簡單得到較高純度的初產品，當肽鏈長度添加到20個殘基以上時，準確產品的量即是一個首要思考的疑問。在很多試驗中，下降殘基數低于20 往往能得到非常好的試驗成果。
2.削減疏水性殘基數
疏水性殘基占顯著優勢的肽，尤其在距C端7-12個殘基的區域，常常導致合成艱難。這一般被認為是因為合成中構成b折疊片，這么會發生不配對。用1個或幾個極性殘基置換 或參加Gly或Pro以翻開肽構造也許會有協助。
3.削減“艱難"殘基
有多個Cys 、Met 、Arg 、Try 殘基一般難于合成。Ser一般可作為Cys的非氧化更換。
怎么增強肽鏈的可溶性？
1、改動N端或C端
關于酸性肽(即pH值為7時帶負電荷), 咱們引薦乙酰化(N端乙酰化, C端堅持自在羧基),以添加負電荷。而關于堿性肽(即pH值為7時帶正電荷),咱們引薦氨基化(N端自在氨基, C端氨基化),以添加正電荷。
2、縮短或加長序列
某些序列富含很多疏水氨基酸，如Trp 、Phe、Val、Ile 、Leu 、Met 、Tyr 和 Ala等 ，當這些疏水殘基大于50%一般難于溶解。為了添加肽的極性，加長序列也許會有協助。別的一種選擇是經過削減疏水殘基的辦法下降肽鏈的長度以添加極性。肽鏈極性越高，就越有也許溶于水。
3、參加可溶性殘基
關于某些肽鏈而言，加上一些極性氨基酸能改進可溶性。咱們引薦給酸性肽的N端或C端加上Glu-Glu。給堿性肽的N端或C端加上Lys-Lys假如不能參加帶電荷基團,能夠將 Ser-Gly-Ser 加到N端或C端。但是，肽鏈的兩頭不能改動時，該辦法則不可行。
4、經過置換一個或多個殘基改動序列
肽鏈的可溶性可經過改動序列內某些殘基來改進。一般單個殘基的更換就能明顯改進其疏水性，而這種改動一般是較為保存的，如用Gly替代Ala 。
5、經過選用不一樣“結構"來改動序列
假如能用某個序列來制備很多長度一定的彼此串連或堆疊的多肽，則能夠用改動各個多肽起始點的辦法來完成改動序列的意圖。其原理是：在同一多肽的親水和疏水殘基間創造新的非常好的平衡，或將同一多肽內的“艱難"殘基(比方 2個Cys) 放進兩個不一樣的多肽而不是集于同一分子內。
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