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冷凍干燥機的流程如下。
進行預凍以充分冷凍樣品。
將冷凍樣品儲存在室內（干燥室）內。
初級冷凍：通過真空泵降低室內壓力并形成真空狀態，使溶劑從樣品中升華。對于擱板型，由于升華而損失的熱能通過加熱擱板來補償，從而可以有效地進行干燥。
二次冷凍：在擱板式中，升高擱板溫度，將溶質成分中含有的水作為解凍水（結合水）除去。這是一個相對較短的過程。
釋放真空并取出樣品。在架式冷凍干燥機中，通過使用封蓋架和封蓋小瓶，可以在釋放真空之前封蓋小瓶。
此外，升華的水蒸氣在稱為冷卻阱的裝置中被冷卻，并再次以冰的形式收集。此時，干燥室與冷卻阱之間的溫差越大，干燥進行得越快。
食品的優點是易于用水或沸水溶解和復溶，但一旦密封破裂，它們就容易氧化、吸收水分，更容易變質。
