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1、根據體積：保存管分為0.5ml、1.5ml和2.0ml，（在-20℃低溫保存時，樣品可以接近裝滿保存管；當溫度低于-80℃保存時，由于液體結冰、體積變大，內裝液體不應多于管容積的75%，否則會引起管子破裂。）

2、根據管底結構：保存管可分為錐底保存管和可立底保存管。

3、根據管蓋的深度：保存管可分為深蓋保存管和淺蓋保存管。

菌種保存管可保存一般細菌、苛刻菌、霉菌、酵母菌等真菌也可在低溫條件下通過菌種保存管保存，因此菌種保存管被廣泛應用于臨床領域（臨床藥敏試驗菌株的保存）、疾控領域（監測分離到的菌株的保存）、菌種保存中心（菌株的日常取用與保存）以及制藥企業（陽性對照菌株保存和取用）等領域。

從原理上講，所有菌種都可用瓷珠菌種保存管保存。菌種保存的原理是DNA復制時自發突變導致菌種退化，因此要創造代謝不活潑的狀態，干燥、低溫、缺氧、缺營養的環境，創造的環境越接近此狀態，所保存的菌種的時間就越長。

但需要注意的是，由于苛刻菌(如流感嗜血桿菌、腦膜炎萘瑟氏菌)等特殊細菌保存時，需-80℃或更低溫度保存，才可以做到更長期的保存。