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1.色譜柱污染。毛細管柱拆下后應該貯存在原來的盒子里，并用GC隔墊密封柱兩端，重新安裝時從柱頭截去2~4cm以確保隔墊碎屑不會堵塞在色譜柱內。色譜柱使用中必須保證柱內通有載氣，只有當柱箱、進樣口、檢測器降溫后才能關閉載氣。

2.熱損壞。不要超過使用溫度上限（等溫上限是色譜柱能夠長期使用的溫度，程序升溫的上限是色譜柱在該溫度下工作5~10min）。

3.氧化損壞。載氣流路中管路、接頭、進樣口、隔墊等的泄漏都會造成色譜柱暴露于氧氣中。預防措施是定期檢漏、更換隔墊、高質量的載氣、安裝氧氣捕集阱、在載氣瓶使用完之前更換。

4.化學損壞。無機或礦物酸和堿是引起固定相化學損壞的主要原因。為了避免酸堿在柱前端積聚，可以安裝保護柱并定期截去柱頭一段。

5.色譜柱斷裂。避免色譜柱接觸尖銳的邊角，并避免太緊纏繞或彎曲色譜柱。斷裂的色譜柱可以切掉部分或采用無死體積的接頭連接使用。