生物制藥制冷機的有效運行是和壓縮機效率有很大關系的，所以，如果生物制藥制冷機的壓縮機發生故障需要及時了解，及時解決，保證有效良好的運行。
1、壓縮機長期頻繁啟停，制冷系統中存在其它化學物質，與潤滑油發生化學反應后使得潤滑油變質可以導致壓縮機缺油與壓縮機潤滑不足。
2、壓縮機在工作時，大量制冷劑氣體在被排出的同時也夾帶走一部分潤滑油，壓縮機短時間缺油會使得壓縮機內部各相關部件異常磨損，導致振動、噪音大。
3、長時間缺油會使得內部各相關部件過熱，導致軸承燒結、抱軸，壓縮機內置保護、排氣或頂部溫度保護、過電流保護、電源空開跳閘、壓縮機運轉聲音異常、壓縮機腔體溫度過高等。
4、生物制藥制冷機機油的粘度除了保證運動部件摩擦面的良好潤滑性外，還需要帶走部分熱量，起到密封作用。如果使用的制冷劑與制冷機油有很大的混溶性，應考慮高粘度的油，以克服潤滑油被制冷劑稀釋的影響。
5、生物制藥制冷機的傾點低，油的粘溫特性好。從而保證制冷機油能夠在低溫下從蒸發器返回壓縮機。制冷劑和制冷機油的混合物會產生石蠟等沉淀物，即石蠟和石油樹脂在高于油的濁點之前會冷凝。會堵塞冷卻系統調節機構與制冷設備之間的管道，影響設備的換熱。
