實驗室冷熱循環機在運行的時候，需要注意其中比較重要的一部分——壓縮機，作為其運行的主要部分，其保護也是很重要的。
1、壓縮機的吸排氣壓力控制，就是高、低壓壓力控制器，一般來說，由高壓控制部分和低壓控制部分組成，如果排氣壓力超過給定值，壓縮機高壓控制部分切斷壓縮機電源，壓縮機停機，吸氣壓力低于給定值，低壓控制部分切斷壓縮機電源，使其停機，并發出報警信號。
2、為了讓壓縮機正常使用，需要注意維修外，還可安裝過熱繼電器，另外還有缺相保護，常用的三相電動機缺相的話會導致電動機無法起動或過載，可采用過載繼電器避免電動機因缺相損壞。
4、壓縮機的排氣溫度保護方法主要是將溫控器安放在靠近排氣口處，感應到排氣溫度過高時，溫控器動作切斷電路，機組的殼體溫度過高會影響壓縮機的壽命，主要因冷凝器的換熱能力不足引起，故要檢查冷凝器的風量或水量、水溫是否合適。并檢查制冷系統內是否混入空氣或其它不凝性氣體，抑或吸氣溫度過高等原因，應注意觀察并檢測。為防止實驗室冷熱循環機制冷劑泄漏至大氣，建議采用閉式閥，閥設置在壓縮機排氣腔和吸氣腔之間的管路上。
實驗室冷熱循環機整個系統的液體循環是密閉的，系統帶有膨脹容器，膨脹容器和液體循環是絕熱的，并不參與液體循環，只是機械的連接，不管液體循環的溫度是高溫還是低溫膨脹容器中的介質低于60度。采用PID智能控制，根據化學過程工藝自動調節功率的輸出，控制反應過程的溫度，滿足反應工藝對溫度變化的要求。
