超低溫水汽捕集泵冷凍機配的冷凝器，運用時刻一長，功能就會逐步下降，其成果會使體系的冷凝壓力高于正常運行時的冷凝壓力。為了不使冷凝器的性質下降，需要定時對冷凝器進行保護保養。
超低溫水汽捕集泵冷凍機中運用的冷凝器主要有風冷式冷凝器和水冷式冷凝器兩種。依據冷凝器的類型不同，其清洗水垢的方法也不一樣，這里介紹的是常用的兩種冷凝器保護保養：
1、風冷式冷凝器是以空氣作為冷卻介質的，由于空氣中常有塵埃，部分塵埃會粘結在冷凝器翅片的外表面上，時刻長了，會使冷凝器的散熱效果變差，特別是環境比較惡劣的當地，因而應該定時進行清洗。清洗的方法是：單純的塵埃可以用壓縮機空氣等吹干凈，如果污物較多，應采用無腐蝕效果的清洗劑清洗散熱管和翅片，到達改進散熱效果的目的。
2、對于水冷式冷凝器，主要是清除水垢的問題。清除周期依水質而論，水質差的至少每年清洗一次；水質好的，可2~3年清洗一次。3、小型水冷式超低溫水汽捕集泵冷凍機配用的冷凝器，可采用換熱器清洗液進行清洗。具體的操作方法是：卸下冷凝器，放出積水，再向管內清洗液，直到出水口有溶液流出方位。清洗液冷凝器中逗留一段時間后即可放出，如此反復兩三次，裝上冷卻水管與冷凝器的連接收，打開冷卻水閥沖刷，防垢和清洗作業即告結束。
4、在超低溫水汽捕集泵冷凍機制冷體系中，壓縮機、蒸發器、冷凝器是制冷體系中重要的配件，冷凝器在這是歸于放出熱量的設備，將蒸發器中吸收的熱量連同壓縮機功所轉化的熱量一起傳遞給冷卻介質帶走，擔負著制冷體系重要的人物之一，功能一下降，直接影響到超低溫水汽捕集泵冷凍機的制冷能力。
