蛋白Marker是蛋白分子量標準，是一些已知分子量的蛋白質(zhì)的混合物，像“尺子"一樣用來指示蛋白質(zhì)條帶的大小。那么如何區(qū)分非預(yù)染蛋白Marker和預(yù)染蛋白Marker呢？讓我們一起來看看吧！
非預(yù)染蛋白Marker：
是幾種已知分子量并純化好的蛋白質(zhì)預(yù)混液，方便不同大小的蛋白比較。非預(yù)染的Marker使用上不如預(yù)染Marker好用，因為電泳過程中完quan看不到，電泳結(jié)束后經(jīng)過蛋白染色后才能起指示作用，無法在實驗過程中起預(yù)示參照作用，屬于“后知后覺"型的。但是由于蛋白沒有附帶染料分子或者是標記分子，所示大小正好是蛋白原本的大小，所以比較準確，可以精確判斷蛋白大小。
預(yù)混的Marker通常有幾條帶加倍濃度作為指示，因為混合的條帶越多，越不好記，誰知道哪條是那條！數(shù)到眼都花了。所以當看到特別濃的那幾條標志帶就記得是哪里了。不過要記得，小帶通常都不那么容易看清楚的。在選擇上來說，當然是選擇其中至少有一條條帶和自己的目的蛋白大小相近的最好，越近越好。
預(yù)染蛋白Marker是純化好的一些蛋白，通過與染料共價耦聯(lián)后混合在一起，在電泳過程中或者轉(zhuǎn)膜時可以直接觀察到。
預(yù)染蛋白Marker：
預(yù)染蛋白Marker的出現(xiàn)方便了我們的實驗，這種蛋白分子量標準可以幫助我們在電泳時、電泳后，以及轉(zhuǎn)膜后監(jiān)測電泳情況和估計遷移率——比如，已知垂直電泳最佳分辨區(qū)域大約在膠的2/3處，如果使用預(yù)染Marker就可以預(yù)測目標蛋白進入最佳分辨區(qū)時停止電泳以得到最佳分辨效果；如果觀察到Marker電泳異常也可以及時終止電泳；另外在Western Blot轉(zhuǎn)膜以后可以直接觀察蛋白轉(zhuǎn)膜是否完quan，還可以在膜上標記蛋白分子量，所以吸引了許多實驗室人員購買預(yù)染蛋白標準。
值得注意的是，預(yù)染蛋白Marker與染料共價耦聯(lián)，所以在不同的緩沖條件下電泳時遷移特性可能會發(fā)生某些變化，可能導致一些偏差，所以不太適合精確定位蛋白——不過多數(shù)情況下Marker的條帶未必能和我們的目標蛋白完quan一樣，我們得到的也不過是一種相對Marker指示的參考大小，最后都需要Western來定性，所以如果不是要區(qū)分大小相近的條帶，預(yù)染Marker還是很好用的，而且也可以和未染色的蛋白標準一起使用。
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