微生物快速鑒定質譜是一種很常用的質譜儀。這種質譜儀的質量分析器是一個離子漂移管。由離子源產生的離子加速后進入無場漂移管，并以穩定速度飛向離子接收器。離子質量越大，到達接收器所用時刻越長，離子質量越小，到達接收器所用時刻越短，依據這一原理，能夠把不同質量的離子按m／z值大小進行分離。
微生物快速鑒定質譜可檢測的分子量規模大，掃描速度快，儀器結構簡單。這種飛行時刻質譜儀的首要缺點是分析率低，由于離子在離開在離子源時初始能量不同，使得具有相同質荷比的離子達到檢測器的時刻有必定分布，造成分析能力下降。
改進的方法之一是在線性檢測器前面的加上一組靜電場反射鏡，將自在飛行中的離子反推回去，初始能量大的離子由于初始速度快，進入靜電場反射鏡的間隔長，回來時的旅程也就長，初始能量小的離子回來時的旅程短，這樣就會在回來旅程的必定位置聚焦，然后改進了儀器的分析能力。
飛行時間質譜儀質量分析器既不需要磁場，也不需要電場，只需要直線漂移空間，機械結構比較簡單。由于受飛行距離的限制，早期的質譜儀分辨率較低。但是近年來通過采用延長離子飛行距離的離子反射技術，可隨意改變飛行距離，使質量分辨率達到幾千到上萬。
采取激光脈沖電離，克服了離子進入漂移管前的時間分散、空間分散和能量分散。采用高靈敏和低噪音的寬頻帶電子倍增管，在短時間內快速記錄微弱的離子流，掃描速度快，適于研究快的過程。
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