微生物快速鑒定質譜為醫學微生物檢驗工作提供了一個簡便、科學的細菌鑒定程序，提高了細菌鑒定的準確性，提高了工作效率，而傳統的微生物分離、鑒定方法操作繁雜，周期長，準確性差，靈敏度低，對實驗室技術人員的專業技術、操作技能、工作經驗要求高，快速和準確獲得細菌的鑒定及藥敏結果是非常必要的。
微生物快速鑒定質譜是基于生物信息編碼（數碼）鑒定細菌的新方法。數碼鑒定是指通過數學的編碼技術將細菌的生化反應模式轉換成數學模式，給每種細菌的反應模式賦予一組數碼，建立數據庫或編成檢索本。通過對未知菌進行有關生化試驗并將生化反應結果轉換成數字（編碼），查閱檢索本或數據庫，得到細菌名稱。其基本原理是計算并比較數據庫內每個細菌條目對系統中每個生化反應出現的頻率總和。
通常將微生物樣本與一種飽和的低分子量無機化合物溶液（稱為基質）進行混合加在靶板上，待干后樣本與基質共結晶后形成了以基質包裹構架的樣本固體沉淀。樣本基質結晶體經激光輻射，基質從激光中吸收能量使樣品吸附，基質與樣品之間發生電荷轉移使得樣品分子電離，離子在加速電場下獲得相同的動能，經高壓加速、聚焦后進入飛行時間檢測器。
質譜儀數據庫的可擴展性對于進一步的鑒定分析非常重要，尤其是菌種間的區分和流行病學研究等。由于不同的平臺都是在各自的系統中建立自身的數據庫并且發展自身的軟件、算法和評分標準，因此不同的質譜系統給出的數字信息不具備可比性。不同的質譜系統的比較要通過對微生物鑒定結果的準確程度來實現。
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