微生物快速鑒定質譜一般由樣品導入系統、離子源、質量分析器和檢測器組成，此外，還含有真空系統和控制及數據處理系統等輔助設備。
由于應用特點不同又分為：
1、液相色譜-質譜聯用儀（LC-MS）
同樣，有液相色譜-四器極質譜儀、液相色譜-離子阱質譜儀、液相色譜-飛行時間質譜儀，以及各種各樣的液相色譜-質譜-質譜聯用儀。
2、氣相色譜-質譜聯用儀（GC-MS）
在這類儀器中，由于質譜儀質譜儀工作原理不同，又有氣相色譜-四極質譜儀、氣相色譜-飛行時間質譜儀、氣相色譜-離子阱質譜儀等。
3、其他有機質譜儀
主要有：基質輔助激光解吸飛行時間質譜儀（MALDI-TOFMS）、傅里葉變換質譜儀（FT-MS）。
微生物快速鑒定質譜是根據電離物質的質荷比(初速度相同，質荷比相同，經受相同的電場或磁場，則偏轉角相同)，鑒別物質的分析技術。AMS的優點是靈敏度和辨別度高。其步驟多，視作多級離子過濾器：
1、進入串列加速器加速，中間有個薄膜剝離裝置，剝離離子的電子進行改性，使得離子在前半段和后半段都加速，而分子通過時發生破碎(排除對的影響)；
2、利用離子探測器分辨離子（電離室、飛行時間譜儀等）；
3、通過二級質譜計，質量分離（分子碎片被排除）；
4、濺射負離子源，分離同量異位素(如使用銫濺射負離子源，排除大部分對的影響）；
5、通過初級質譜計，質量分離。
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