氣相色譜質譜聯用儀定性分析很方便，可通過自帶數據庫的相似度檢索快速定性分析，氣相色譜質譜聯用儀還有多種采集模式，靈敏度高，能夠定量準確。而儀器的本身狀態決定試樣分析結果的準確度，因此，做好氣相色譜質譜聯用儀的維護工作，是儀器管理與維護工作中的一項非常重要的工作。
1 質譜真空檢漏、調諧
質譜儀的調諧是為了得到好的質譜數據，在進行樣品測試前要進行質譜真空檢漏、調諧。在開關機、換燈絲之后要做調諧，如儀器一直處于開機狀態，1-2周要做一次調諧。調諧完之后要重新做標準曲線。
檢查水峰、氮峰，如果氮氣m/z 28的峰高是水m/z 18峰高兩倍以上，就有可能漏氣。
有可能造成氮氣較高的原因有以下幾種：
(1)如果剛更換了鋼瓶或載氣管路過濾器，可能由于載氣管路中混入空氣，會在剛開機時造成氮氣峰較高。可加大分流比，吹掃10分鐘后再進行漏氣檢查。
(2)如果載氣管路中安裝了氦氣過濾器，使用一段時間后，由于過濾器飽和而釋放氮氣，會造成在漏氣檢查時氮氣峰較高，這時需要更換新的氦氣過濾器。
(3)如果氦氣純度不夠，雜質中可能含有部分氮氣，在峰檢測時氮氣峰會略高。
當發現系統漏氣時，須找到漏氣點。可以用進樣針吸取少量石油醚，依次注射于進樣口上部螺母、色譜柱兩端接頭和離子源前門處，并觀察43質量數的峰高，如峰高明顯增大，說明該部位有漏氣。找到漏氣點后，將其擰緊或重新連接好。
調諧完成后要評價調諧報告：
(1)檢查峰的形狀是否有明顯的分叉、是否對稱;
(2)檢查半高峰寬的值是否在0.6±0.1范圍內;
(3)檢查檢測器電壓是否超過1.5kV，與前一次調諧數據對比，相差0.2-0.3kV是可以的，如相差太大需重新調諧;
(4)峰強是m/z 69，其峰強度是否為m/z 28峰強度的2倍;
(5)m/z 502的相對強度比率是否大于2%。以上幾點都符合，表明此次調諧數據是可用的。
2 機械泵更換泵油
機械泵更換泵油的周期是3000小時。在停止真空、關閉工作站和主機電源后更換泵油。將機械泵放到高于地面的位置，將廢液瓶對準位于機械泵下端的排油口，打開位于機械泵上端的注油口，擰開排油口的塞子，排出泵油。等排出全部泵油后，擰緊排油口的塞子，緩慢加入新的泵油，加入油的液面接近液面處，擰緊塞子，將機械泵放在原來位置。等儀器正常啟動后，選擇重置消耗品對話框，將泵油使用時間清零。
3 清洗離子源
離子源污染會造成重現性不良，應及時清洗離子源。進行離子源操作時需要戴清潔的手套。清洗離子源分為以下三個步驟：
(1)取出離子源。停止真空后，擰松真空艙旋鈕，拉開艙門，用鑷子拔下排斥極擋片，把導線移到左邊，把離子源安裝桿放在離子源上，用一字螺絲刀把離子源的兩個固定螺絲擰松一圈，再用鑷子把離子源的固定卡具先向右再向下移動到固定位置，用一字螺絲刀把兩個固定螺絲*擰開，用安裝桿取出離子源。
(2)清洗離子源。把離子源放在潔凈的紙上，取下安裝桿，分開排斥極套裝和離子源盒。用研磨砂紙反復擦拭離子源盒的內部和兩側圓孔，擦拭排斥極的平面、側邊的圓周面，用洗耳球清除表面沙塵后，在丙酮溶液中超聲清洗30min，然后在400℃的馬弗爐中老化一小時。組裝排斥極套裝，將排斥極安裝在離子源盒上，把離子源安裝桿擰緊到離子源盒上。
(3)安裝離子源。把固定好的離子源安裝回儀器腔體中，先把離子源兩個固定螺絲擰緊，再擰松一圈，用鑷子按先向上再向左的順序把離子源卡具撥回，擰緊兩個固定螺母，卸下離子源安裝桿。用鑷子把導線裝回排斥極，確認排斥極導線接觸好，排斥極導線與其他導線不能相互接觸，確認離子源卡具在初始位置，擰緊固定離子源的螺絲。關閉艙門，儀器正常啟動后，在工作站中，重置消耗品對話框，離子源使用時間清零。
4 更換燈絲
停止真空后，擰松真空艙旋鈕，拉開艙門，用鑷子小心地拔掉要更換燈絲的兩根導線，將導線撥到左邊，用一字螺絲刀擰松螺母，用鑷子取下螺母，然后用鑷子取下燈絲，更換新燈絲，用鑷子裝上新燈絲并固定好，用鑷子裝上燈絲的固定螺母并擰緊。將兩根燈絲導線連接在燈絲上，并用鑷子把兩根導線往燈絲方向推，使緊密接觸，無短路。關閉艙門，旋緊真空艙旋鈕。儀器正常使用后，將燈絲之前的使用時間清零。
影響燈絲使用壽命的因素有以下幾點：
(1)真空度是否良好。一般情況下真空啟動半小時后才能打開燈絲，在真空度不好時打開燈絲，會加快燈絲消耗。
(2)真空是否存在漏氣，真空漏氣會加快燈絲的氧化和消耗。
(3)樣品濃度會影響燈絲的壽命，長期分析高濃度樣品會加快燈絲消耗。
(4)燈絲與離子源應安裝在正確位置，如位置有偏差，會導致燈絲變形而縮短壽命。
(5)溶劑切除時間設置不合適，在出溶劑時打開燈絲，會加快燈絲消耗。
(6)清洗離子源時離子源上下兩個電子導入孔清洗不干凈，會導致電子導入效率降低，從而加快燈絲消耗。
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