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厭氧培養箱的使用過程其實就是2步：操作室厭氧環境形成和菌種的置入和培養，但每一步都需要很多的小步驟去完成，下面讓我們一起來看一下。
　　一、操作室厭氧環境形成：
　　按使用要求放置好必要的配件和器具，并向操作室內放入兩個五毒塑料袋。打開設備后配，電源開關后，按控制牌上的總電源鍵，使設備通電。先用橡皮管插入操作室內進氣口，另一個插入塑料袋，接通氮氣進氣路，打開厭氧培養箱操作室氮氣控制閥，使兩只塑料袋充足氮氣后，關閉電磁閥，然后扎緊袋口，把乳膠手套套在觀察板法蘭圈上并扎緊，把塑料袋內氮氣漸漸的放于操作室內，至全部防除。厭氧培養箱操作室內打開鈀粒除氧劑，接通除氧催化器電源進行催化除氧，并在厭氧指示條反應區上滴一點潔凈水，1-2小時后，觀察其變況，反應部分深藍色變為淺藍為操作室內達到厭氧環境。
二、菌種的置入和培養：
　　檢查厭氧培養箱取樣室內門有沒有關緊，打開取樣室外門，將菌種放入取樣室后即關上外門，取樣室充氮置換三次過程，然后打開取樣室氧氣閥進氣，使指針回復零位，關掉閥門。厭氧培養箱需要長期連續使用的條件，每天在操作室內放入指示條觀察，如不能正常就必須重新換氣，要長期連續輸入微量的混合氣體，使補進的氮氣能和微量的氮結合通過催化吸收，保證了室內厭氧狀態，補入混合氣流量選定為每分鐘10毫升左右，連續培養運行一天，更換一次除氧劑和干燥劑。