清潔設備部件
設備的清潔是保證工作過程中無交叉污染的條件之一。因此，在次使用冷凍干燥機時，業內表示，對設備的各部件進行的清潔。
不同的部件清洗條件也有所不同。例如，不銹鋼的部件需要使用乙醇進行清洗，有機玻璃需要使用生理鹽水進行清洗，而安瓿瓶用超聲波清洗機進行清洗。
預凍準備
冷凍干燥之前要進行預凍，預凍需要準備零下40℃，或者是零下80℃的低溫冰箱，把準備干燥的物品置于低溫冰箱或液氮中，一般需要四個小時左右，這個過程可以直接從設備的外部觀察到。當物品冰凍結實后，才可進行冷凍干燥的實驗，把物品迅速移動到冷凍干燥機托盤之內，以保證冷凍干燥效果。
檢查設備的氣密性
冷凍干燥機與真空泵之間由綠色的真空管連接，連接處使用國際標準卡箍。這種卡箍為了有效防止空氣的泄漏，在卡箍內特被設計了一只密封橡膠圈。在防止漏氣的方法上，建議涂抹適量真空脂在橡膠圈上，再用卡箍卡緊，能使連接處更緊密的貼合在一起。
如果沒有卡緊卡箍，就會造成空氣泄漏，導致在抽取真空的時候儀表盤顯示數顯值大于20pa，此時應該檢查真空泵以及冷凍干燥機玻璃罩的氣密性。
如果氣密性不好，應該在冷阱上方的密封橡膠圈涂抹一些真空脂，將有機玻璃罩輕旋在橡膠圈上，在打開真空泵測試其氣密性。以確保氣封閉的完整。
真空泵運轉前檢查真空泵油
冷凍干燥機主機的右側板上設有兩個電源插座，一個將真空泵的電源線連接上主機，再將第二個冷凍干燥機上的總電源插上電源。
在真空泵運轉前，檢查是否加入真空泵油，否則不能正常運行。油面不得低于油鏡的中線，真空泵剛開始時使用時有比較強烈的抖動，慢慢的會變的平穩。
擦干冷阱
除了以上的“預熱"準備以外，業內表示，在設備作前須注意清除冷阱室內的水分，必要時擦干冷阱。每次進行冷凍干燥工作前先開排水閥。
另外，在使用過程中切勿頻繁開關，如因操作失誤造成制冷機停止運轉，不能立即啟動，至少等20分鐘后方可再次啟動，以免損壞制冷機。冷凍干燥后，冷阱盤管上的冰會化成水，可以用毛巾清除干凈，凍干結束旋開“充氣閥"向冷阱充氣時要慢，以免沖壞真空計。
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