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2.1取出集菌培育器先查看包裝是否完好無缺，在無菌室翻開無菌包裝袋。
   2.2將集菌培育器逐一放在不銹鋼座上。
   2.3將集菌培育器的導管裝入智能集菌儀泵頭，要求定位準確，導管走勢順利。
   2.4翻開帶檢樣品，刺進針孔并消毒，然后將樣品瓶定位。
   2.5拔去進樣雙芯針管的護套，刺進樣品中，按“Run"鍵，敞開集菌儀，再按“40R"“ 60 R"“ 160R"“ 240R"調理所需轉速；按“Up"“Down"鍵可上下調理轉速，施行過濾集菌（應防止雙芯針管進氣濾膜被藥液浸濕，影響進氣）。
   2.6完結集菌后，若樣品含抑菌物質，用適當緩沖液清洗，清洗辦法與集菌進程相同。
   2.7啟開培育基的鋁蓋，插針孔并消毒。
   2.8摘下頂部空氣濾器開口的膠塞，將集菌培育器底部濾器開口塞上膠塞，用止血鉗順次開閉軟管，敞開集菌儀，將培育基泵入的集菌培育器。
   2.9用小夾子夾閉與培育器銜接部的導管，留下5-6cm導管，檢出其余部分，并將開口端刺進在空氣濾器開口上。
   2.10別離按規則進行培育，并調查培育狀況。
   2.11當替換檢品和完結過濾時，按下“Stop"鍵，儀器當即中止工作。
3.集菌儀操作完畢
   3.1封閉電源。
   3.2取下不銹鋼底座進行清洗。