1、二氧化碳培養箱的選擇：
二氧化碳培養箱的制造商們設計了多種不同的裝置去減少和防止污染的發生，其主要是防污染設計和消毒滅菌系統的改進，以達到消毒滅菌的目的。如帶有紫外消毒功能的二氧化碳培養箱、帶HEPA過濾器凈化空氣的二氧化碳培養箱，以及帶高溫滅菌的二氧化碳培養箱等，后者又分為高溫干熱和高溫濕熱兩類。這些裝置的滅菌能力各有千秋，紫外燈消毒范圍有限，距離燈越遠，或者被遮擋，消毒能力越差。
HEPA過濾器的過濾膜孔徑有限，無法去除病毒和一些微小細菌，并且容易損耗，也有其局限性。相比而言，高溫滅菌則是比較有效的方法。而高溫干熱和高溫濕熱也有所不同，不同方法的滅菌效率與溫度的高低也有著直接的關系。上海潤度生物推出的Herocell系列二氧化碳培養箱可進行140℃的高溫干熱滅菌，當然也可進行90℃的濕熱滅菌，為用戶的滅菌方式提供了豐富的可選擇性。
2、培養工作人員習慣：
人為因素和態度可以對環境、人和物起到一個正面或負面的影響。以安全為目的，實驗室內的工作人員應明白自身的態度和人為因素對實驗環境的重要性。因此，對實驗室工作人員進行專業培訓對防污染有著重要作用。
3、重視管理：
細胞室內的二氧化碳培養箱應由專人負責管理，定期對系統進行校正，至少每年一次。各項數值一旦固定后，不要隨意調節，以免影響箱內溫度、濕度、CO2濃度的波動，降低機器的靈敏度，同時還會影響二氧化碳培養箱內的細胞生產狀態。
使用前，對二氧化碳培養箱的各項指標進行系統校正，并且對箱體和內部進行消毒處理，等各項數值穩定一段時間后方可使用。一旦出現緊急問題，應及時上報，應由專業的人員進行操作，馬上采取應對措施，以免造成不必要的損失。
4、規范操作：
二氧化碳培養箱的使用雖然很簡單，但同樣需要規范操作。進細胞室穿著實驗服，換上拖鞋或者穿一次性的鞋套。實驗操作時帶一次性手套，是打開二氧化碳培養箱前，先用75%的酒精噴壺噴洗雙手再開二氧化碳培養箱，再取出細胞培養瓶或培養板。顯微鏡下查看細胞培養瓶或培養板后，再放回二氧化碳培養箱時，同樣也要噴酒精消毒。
二氧化碳培養箱的兩個門開關取(放)物要迅速，不可長時間開著，否則會影響CO2的濃度、溫度和濕度，以及造成污染。尤其是不要忘了關好里層的玻璃門。切記開門時不要對著二氧化碳培養箱說話，大口呼吸或打噴嚏。
5、加強防護：
如果實驗人員生病而攜帶病菌，應帶上口罩再進細胞室，病情嚴重的則不宜進行實驗。女性同志實驗時頭發應梳起，防止皮屑污染及連帶事件的發生。如果實驗室條件允許，可以每人佩戴實驗帽、手套和口罩，以防污染二氧化碳培養箱及對實驗人員的自身的防護。
6、注重保養：
二氧化碳培養箱置于細胞室中，室內需保持干燥，環境溫度不能超過30℃（建議保持在18℃-30℃）。二氧化碳培養箱放置在遠離門窗、供暖設備和空調導管的地方，不能被陽光直接照射。二氧化碳培養箱的放置臺面水平避震且非易燃材質，不能靠在墻壁或類似的建筑物上，其后部接電處和墻壁至少保留30cm的空間。一旦放好不宜再移動。
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