生物發酵工程是指采用現代工程技術手段，利用微生物的某些特定功能，為人類生產有用的產品，或直接把微生物應用于工業生產過程的一種新技術。發酵工程的內容包括菌種的選育、培養基的配制、滅菌、擴大培養和接種、發酵過程和產品的分離提純等方面。
生物發酵工程的發酵方法與其他方法相比有哪些優點：
1.液體懸浮狀態是很多微生物的最適生長環境。
2.在液體中，菌體及營養物、產物（包括熱量）易于擴散，使發酵可在均質或擬均質條件下進行，便于控制，易于擴大生產規模。
3.液體輸送方便，易于機械化操作。
4.廠房面積小，生產效率高，易進行自動化控制，產品質量穩定。
5.產品易于提取、精制等。因而液體深層發酵在發酵工業中被廣泛應用。
生物發酵工程進行發酵的過程是怎樣的？
1.發酵產物:
發酵產物主要在菌體生長的穩定期產生。
2.發酵進程
在發酵過程中隨時取樣檢測培養液中細菌數目、產物濃度以了解發酵進程，及時添加必需的培養基成分來延長菌體生長穩定期的時間，以得到更多的發酵產物。
3.發酵條件
發酵生產中溫度、pH、溶氧量等對發酵過程有重大影響。
6、分離提純
發酵產物不同，分離提純的方法會有所不同，產物分離、提純的一般方法是:代謝產物:蒸餾、萃取、離子交換等方法。菌體本身:過濾、沉淀。
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