高通量測序(Next Generation Sequencing,NGS)近年來飛速發展,在各個領域已被廣泛應用。而文庫的制備是NGS技術中極為重要的步驟。所謂文庫制備(Library Preparation)就是在DNA的片段兩端連接上特定序列的接頭的過程,讓文庫可以在高通量測序平臺上進行測序。
文庫構建的最終目的在于成功測序,并獲得序列信息。那么如何判定這個文庫能否上機測序呢?想必這是大家一致關注的問題。
文庫的數量和質量是能否成功測序的關鍵。文庫的濃度和文庫分布是評價文庫質量的兩個關鍵參數。
文庫構建完成后,我們首*行文庫濃度的測定。核酸定量的方式有多種,但基于紫外分光光度的測定方法相對不夠精準定量,比如Nanodrop或酶標儀,我們推薦使用染料法進行核酸定量,在文庫構建中比較常用的核酸定量儀器是Thermo Life Qubit 3.0熒光定量儀。
如果文庫濃度符合上機需求,接下來我們用Agilent 2100生物分析儀來檢測其片段大小是否符合預期,其峰值大小應該是目的片段加上接頭序列的總長度。
除ATAC、cfDNA和small RNA等特殊文庫外,一般情況下,好的文庫應該呈現出單一的、圓滑的峰且接近正態分布,并且文庫中小于280 bp和大于1000 bp的片段占比不要過大(如大于20%)都可上機測序。
圖1:常規文庫2100峰型圖
圖2:cfDNA文庫2100峰型圖
圖3:ATAC文庫2100峰型圖
圖4:文庫峰型偏大
圖5:接頭、引物殘留峰型圖
(紅色箭頭標注為引物殘留,藍色箭頭標注為接頭殘留)
圖9:過度擴增峰型圖
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