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電穿孔法難點在于提高電穿孔的效率。實驗操作者一般能從電轉儀廠家得到轉染的詳細方案和優化指導。當你需要自己優化轉染效率時，可以從以下方面進行：
1、外加電場的強度：電壓過低，細胞膜不能形成小孔，使得外源分子通過；電壓過高，細胞會受到不可逆損傷，以至于裂解。對于大部分哺乳細胞來說，電壓250～500V/cm是合適的。實驗操作者需要查詢資料，找到所需細胞系轉染的合適電場強度。
這部分的操作建議通過逐級增加電壓來確定*佳轉染電場強度。
2、電脈沖時間的長短：一般電脈沖只進行1次。根據電轉儀的具體參數設置，不同儀器間差異較大。
3、溫度：細胞在室溫時電轉染，瞬時表達水平*高；對于高強度電轉，產生大量熱量的實驗來說，將細胞保持在0°C較好，但電轉染后需要室溫孵育一段時間。
4、DNA：線性DNA比環形DNA的轉染效率高，合適濃度是1～40μg/mL。使用質粒時，需要提高質粒的純度。
5、培養基：用緩沖鹽溶液（HEPES鹽緩沖液）懸浮細胞的轉染效率較高，比使用含非離子物質（甘露糖、蔗糖）的緩沖液高數倍。
6、細胞狀態：最好使用生長活躍、狀態健康、無污染、傳代次數低的細胞進行轉染。
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