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尋找轉錄因子與基因啟動子的結合點

時間:2021/9/2閱讀:3775
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經過 EMSA、 DNase1 足跡實驗、甲基化干擾實驗、體內足跡實驗、 Chip-on-chip 等方式,終于落實了轉錄因子跟基因的關系,繼續探索轉錄因子跟該基因的啟動子的結合位點在哪里? 

第一步,要確定到啟動子在哪?(怎么確定啟動子? 一般查閱外文文獻,老外把從轉錄起始位點開始上溯 2K-3K 的區間算做是啟動子。) 

第二步,就是要確定具體的結合位點序列?(啟動子這么長,怎么知道具體的結合位點序列?)


如何預測轉錄因子跟基因啟動子結合位點在哪里?干貨來了,看這里了(敲黑板?。?/p>


1、以轉錄因子 Nf-KB 和 Ankh 基因為例,用 UCSC 在線網站鎖定啟動子范圍,在左欄選擇 Table  browes。

2、在 clade 選擇 Mammal,genome 選擇 Human,assmebly 選擇最新的數據庫,gene 中輸入 ANKH,在 track 中選擇 RefSeq Genes,在 output format 中選擇 sequence,點擊 get output,根據需要選擇序列,選擇 genomic-submit。

3、選擇 Promoter/Upstream by 2000 bases,選 Exons in upper case, everything else in lower case (外顯子大寫,其他小寫)。


結果如下:大寫字母是基因外顯子區,大寫字母前面的 2000 個小寫字母就是預測的啟動子區,復制粘貼保存到文本中。

當我們確定啟動子以后,接下來就是要確定具體的結合位點序列了,好緊張!


打開 PROMO 數據庫,業界良心!首頁就來送助攻:查找轉錄因子結合位點操作步驟。

1、如助攻提到的,先點擊黃色左欄 SelectSpecies,選擇物種, 點擊 Submit。

2、再點擊黃色左欄 SelectFactors,選擇轉錄因子, 點擊 Submit。

3、接著點擊 SearchSites,將之前鎖定的啟動子區序列粘貼到特定位置,點擊 Submit。

4、目標出現!結果中的一個位點 TGGGAAATACCT 就是預測到的 nf-kb 結合在 Ankh 啟動子的最佳位點。


同一個基因的啟動子都是可長可短的,只是不同長度可能啟動子的活性不一樣。真核生物一般都是認為在第一外顯子上游的 2kb 以內(也有 2kb 以外的)。轉錄因子不同的預測方法(除了 PROMO,還可用 Jaspar 、TFSEARCH、TRANSFAC 等數據庫)結果都不一樣,最終只有實驗驗證的才準確。



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