毛細管電泳儀（以下簡稱儀器）是根據在電解質溶液中，帶電粒子在高壓電場作用下，以不同的速度定向遷移的現象來達到組分分離的目的。各組分分離后通過檢測器進行檢測，并根據各組分的遷移時間和響應值進行定性、定量分析。電泳的支持物是彈性石英毛細管。
毛細管電泳儀每次運行間毛細管的清潔處理：
·在相同實驗條件下每個樣品之間的沖洗步驟應只以運行緩沖液沖洗為佳，避免NaOH、水等物質的沖洗。
·緩沖液沖洗的時間一般為2-5min，如果重復性不佳，可提高沖洗壓力或延長時間來嘗試提高實驗的重復性。
·若以上步驟還是難以達到理想的實驗重復性且出現每次出峰時間的后移情況，則是因為樣品中物質在毛細管內壁的吸附所引起，此時則需要使用0.1M NaOH的沖洗，沖洗時間為2min左右，以去除毛細管內壁上的吸附物，此后再用水和運行緩沖液較長時間沖洗，以確保緩沖液與毛細管內壁之間的平衡穩定形成。
·對于使用SDS或CTAB等表面活性劑的實驗，需要注意這些表面活性劑與毛細管表面之間的平衡對實驗重復性是至關重要的。所以此類實驗一般不采用NaOH洗毛細管，而是采用緩沖液的長時間沖洗和預電泳來提高實驗的重復性。當實驗進行到一定次數以后再用NaOH米清潔毛細管，并用運行緩沖液長時間沖洗獲得平衡。
毛細管插入樣品溶液后，應立即開始進樣操作，完成后迅速移至緩沖液中開始電泳。否則會產生毛細作用和虹吸現象，引起誤差并使譜帶展寬。
毛細管電泳儀使用操作：
1.電極不要和毛細管接觸，樣品貯器和緩沖液貯器液面的高度應保持平衡。
2.使系統盡可能保持恒溫。因溫度直接影響粘度，而影響進樣量的恒定。
3.樣品溶液中的溶劑需要與緩沖液互溶，前者的離子強度應低于后者。
4.防止樣品溶液和緩沖液蒸發、損耗。
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